Optimalizace amplifikace DNA izolované z bukálních stěrů pro účely sekvenování

Kristýna ROŠTÍKOVÁ

Bachelor's thesis

Optimization of DNA amplification isolated from buccal swabs for sequencing purposes

Abstract:

Tématem mé bakalářské práce byla problematika odběru primárních vzorků DNA z bukální sliznice, určení ideální délky a optimálních podmínek skladování a následná analýza těchto vzorků. V teoretické části jsem se věnovala preanalytické fázi laboratorního vyšetření. Tedy způsobům odběru vzorků a typem materiálu, který se nejčastěji využívá pro izolaci DNA v molekulárně biologické laboratoři. Následně jsem se zaměřila na samotné metody, jenž se využívají pro analýzu DNA. Jednalo se o izolaci DNA, metody amplifikace DNA, elektroforézu nukleových kyselin a sekvenování DNA. V praktické části jsem zpracovala 42 odebraných vzorků. Nejprve jsem ze vzorků izolovala DNA, u které jsem změřila její koncentraci a čistotu. Poté jsem u těchto vzorků provedla elektroforézu a na základě jejích výsledků jsem se rozhodla, které vzorky budu dále zpracovávat pomocí PCR. Následně jsem elektroforézou zjistila, zda u vzorků proběhla amplifikace DNA. Nakonec jsem vybrala vzorky, které jsem odeslala na sekvenování. Cílem mé bakalářské práce mělo být zjištění optimální délky a podmínek skladování vzorků z bukální sliznice pro další zpracování. Také jsem hodnotila, jak tyto parametry ovlivňují kvalitu, čistotu, množství izolované DNA a také průběh PCR. Dle získaných výsledků se jeví jako optimální uchovávání vzorků v laboratorní teplotě a jejich zpracování v nejkratší možné době, nebo uchovávání vzorků v chladničkové teplotě a zpracování v rámci týdnů až tří měsíců.

Abstract:

The topic of my bachelor thesis was the issue of taking primary DNA samples from the buccal mucosa, determination of the ideal length and optimal conditions and subsequent analysis of these samples. In the theoretical part, I focused on the preanalytical phase of the laboratory examination. It was about, the methods of sampling and the type of material that is most often used used for DNA isolation in the molecular biological laboratory. Subsequently, I focused on the methods themselves, which are used for DNA analysis. These included DNA isolation, DNA amplification methods, nucleic acid electrophoresis and DNA sequencing. In the practical part, I processed 42 samples. First, I isolated DNA from the samples and measured its concentration and purity. Then I performed electrophoresis in these samples and based on its results I decided which samples I would process further by PCR. Subsequently, I determined by electrophoresis whether DNA was amplified in the samples. Finally, I selected samples that I sent for sequencing. The aim of my bachelor thesis was to determine the optimal length and storage conditions of samples from the buccal mucosa for further processing. Then I evaluated how these parameters affect the quality, purity and quantity of isolated DNA as well as the course of the polymerase chain reaction. According to the obtained results, the best option is to store the samples in a refrigerator temperature and perform their analysis in the shortest possible time, or to store samples in a refrigerator temperature and process them within weeks to three months.

Keywords

Primární vzorek, bukální stěr, podmínky skladování, izolace DNA, elektroforéza, PCR, sekvenování

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 2. 5. 2023

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Tomáš Nix, Ph.D.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Health and Social Sciences

Bachelor programme / field:
Specialization in Health Service / Health Technician