Genetické faktory sarkoidózy

Bc. Monika CVANCIGEROVÁ

Master's thesis

Genetic factors of sarcoidosis

Abstract:

Sarkoidóza je ochorenie, ktoré bolo popísané už pred viac ako 120 rokmi a jeho príčina vzniku stále nie je známa. Jedná sa o chronické granulomatózne ochorenie charakteristické akumuláciou aktivovaných lymfocytov, predovšetkým pomocných T buniek a makrofágov v postihnutých miestach orgánov. V súčasnosti je najväčší dôraz kladený na výskum imunopatogenézy a etiológie sarkoidózy, a tým na odhalenie pravdepodobných mikrobiálnych, enviromentálnych či genetických faktorov vzniku tohto komplexného inflamatórneho ochorenia.Táto diplomová práca bola v experimentálnej časti zameraná na genotypizáciu 19 SNPs v génoch kódujúcich proteíny, ktoré sa zúčastňujú dôležitých imunitných a bunkových procesov potencionálne dôležitých v patogenéze sarkoidózy. Zdá sa, že práve jednonukleotidové polymorfizmy by mohli byť v budúcnosti genetickými markermi určujúcimi rizikovosť alebo naopak ochranu voči vzniku sarkoidózy, prípadne vzniku konkrétneho fenotypu tohto ochorenia, či že môžu predpovedať priebeh choroby. Za použitia technológie MassArray bola genotypizovaná západoslovanská populácia o veľkosti 571 jedincov zložená z českých a poľských pacientov s diagnostikovanou sarkoidózou. Celkovo bola zistená asociácia siedmych SNPs so sarkoidózou, Löfgrenovým sydrómom alebo sarkoidózou bez Löfgrenovho syndrómu. Sedem z vyšetrovaných SNPs bolo asociovaných minimálne s jedným z týchto subtypov. Jednalo sa o SNPs v génoch ANXA11 (rs1049550), TNF- (rs1800629), HLA DQA1 (rs2187668), ATF6B (rs3130288), HLA-DRA (rs3135394), LRRC16A/CARMIL1 (rs9295661) a v C6orf10 (rs3129927). Porovnaním výsledkov tejto diplomovej práce s predtým publikovanými výsledkami z iných, prevažne západoeurópskych, populácií bola potvrdená asociácia spomínaných 7 SNPs v západoslovanskej populácii. Z tejto diplomovej práce rovnako vyplýva, že veľká pozornosť v štúdiu sarkoidózy by mala byť venovaná práve chromozómu 6, na ktorom je lokalizovaných šesť zo siedmych asociovaných variantov.

Abstract:

Sarcoidosis is already known for more than 120 years and it´s cause is still unknown. It is a chronic granulomatous disease which is characterised by an accumulation of activated T helper cells and macrophages in sites localized in affected organs. Currently, the main purpose of sarcoidosis research is better understanding of immunopathogenesis and etiology of sarcoidosis and thus revealing potential microbiologic, environmental and genetic factors of this complex inflammatory disease.In experimental part of this diploma thesis 19 SNPs localized in genes coding proteins were genotyped, which are part of important biological and immunologic reactions. It seems, that in future single nucleotide polymorphisms might be a genetic marker which determine the risk or protection from developing sarcoidosis or particular phenotype of disease or predict the course of disease. Using MassArray? technology a west-slavonic population was genotyped, containing 571 sarcoidosis cases from Czech republic and Poland. Overall, seven variants were associated with sarcoidosis, Löfgren syndrome or non-Löfgren syndrome, at least with one diagnosis. It was SNPs localized in genes ANXA11 (rs1049550), TNF- (rs1800629), HLA DQA1 (rs2187668), ATF6B (rs3130288), HLA-DRA (rs3135394), LRRC16A/CARMIL1 (rs9295661) and in C6orf10 (rs3129927). In studied west-slavonic population results submitted in previous reports were confirmed. So, the association of 7 mentioned SNPs with sarcoidosis was confirmed in west slavonic population. From this diploma thesis it is also clear that attention should be given to chromosome 6 because 6 of 7 significantly associated SNPs were localized on this chromosome.

Keywords

sarkoidóza, imunopatogenéza, genotypizácia, MassArray, kandidátne gény, SNP, varianty, asociácia

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 25. 4. 2017

Thesis defence

• Supervisor: prof. MUDr. Martin Petřek, CSc.

PALACKÝ UNIVERSITY OLOMOUC

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology