Custom Sequence Creator for Prototyping Alignments on Transmission Electron Microscopes

Bc. Oliver Svrček

Bachelor's thesis

Anotácia:

Cieľom tejto práce je vytvoriť nástroj, ktorý umožňuje vytvárať užívateľsky definované sekvencie pozostávajúce z alignmentov, ktoré ladia transmisné elektrónové mikroskopy. Práca bola vedená v spolupráci s Thermo Fisher Scientific Brno. Túto funkciu požadovali fyzici, ktorí úzko spolupracujú s automatizačným tímom. Umožňuje fyzikom, testerom a vývojárom jednoduchšie navrhovať, kontrolovať a testovať nové a existujúce sekvencie a tak zlepšovať ich pracovný postup. Rozšíril som softvérovú infraštruktúru tak, aby bolo možné dynamicky vytvárať užívateľsky definované sekvencie alignmentov. Potom som navrhol a naprogramoval grafické používateľské rozhranie, ktoré používateľom umožňuje ľahko vytvárať, ukladať, prenášať, načítavať a spúšťať vytvorené sekvencie. Neoddeliteľnou súčasťou mojej práce bolo testovanie použiteľnosti aplikácie. Toto testovanie potvrdilo použiteľnosť nástroja a uľahčí pracovné postupy pre používateľov z rôznych prefesií.

Abstract:

The thesis aims to create a tool that allows to create custom alignment sequences that run on transmission electron microscopes. The work was conducted in collaboration with Thermo Fisher Scientific Brno. The feature has been requested by physicists working closely with the automation team. It allows physicists, testers, and developers to design, inspect, and test the new and existing sequences in a simpler manner and improve their workflow. I extended the software infrastructure so that it is possible to dynamically create user-defined sequences of automated alignments. After that, I programmed and designed the graphical user interface that lets the users to easily build, save, transfer, load and run the created sequences. An integral part of my work involved conducting usability testing of the application with the users. This testing affirmed the tool's applicability, facilitating smoother workflows for a variety of users across different roles.

Keywords

Alignments, Automation, Graphical User Interface, Prototyping, Python, PyQt5, Thermo Fisher Scientific, Transmission Electron Microscope

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 5. 2024

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 26. 6. 2024
• Vedúci: RNDr. Zuzana Ferková, Ph.D.
• Oponent: Ph.D. Iris Kico

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Programming and development / Programming and development