Studium vztahů mezi přístupovými cestami a aktivitou enzymů metodami molekulového modelování – Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D.
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D.
Doctoral thesis
Studium vztahů mezi přístupovými cestami a aktivitou enzymů metodami molekulového modelování
Relationships between enzyme access pathways and catalytic activity by the methods of molecular modeling
Abstract:
Tunely v enzymech spojují zanořená aktivní místa s vnějším prostředím a umožňují transport molekul ligandů. Tvar a fyzikálně-chemické vlastnosti těchto tunelů ovlivňují selektivitu, specificitu a aktivitu enzymů s konkrétními ligandy. Aminokyseliny tvořící stěny tunelů mohou být cíleny v proteinovém inženýrství za účelem navržení nových variant enzymů s vylepšenými vlastnostmi. Interakce enzymů s ligandy …moreAbstract:
Tunnels in enzymes connect buried active sites with the outer environment to allow the transport of ligand molecules. The shape and physicochemical properties of these tunnels influence the enzyme selectivity, specificity, and activity for particular ligands. Tunnel-lining residues can be targeted in protein engineering to design novel enzyme variants with improved properties. In silico methods can …more
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 18. 4. 2023
Identifier:
https://is.muni.cz/th/o6csa/
Thesis defence
- Date of defence: 20. 6. 2023
- Supervisor: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
- Reader: doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D., prof. Ing. Vojtěch Spiwok, Ph.D.
Citation record
ISO 690-compliant citation record:
VÁVRA, Ondřej. \textit{Studium vztahů mezi přístupovými cestami a aktivitou enzymů metodami molekulového modelování}. Online. Doctoral theses, Dissertations. Brno: Masaryk University, Faculty of Science. 2023. Available from: https://theses.cz/id/wgzguo/.
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasaryk University
Faculty of ScienceDoctoral programme / field:
Environmental Health Sciences / Computational biology, bioinformatics and modelling
Theses on a related topic
-
Nucleation of water and argon in supersonic molecular beams by the molecular dynamics method
Martin Klíma -
Molekulová dynamika dvou řetězců hyaluronanu ve směsných rozpouštědlech (virtuální experiment)
Alena Kolaříková -
Molecular Modelling of Structure-Function Relationships in Enzymes
David Bednář -
Reaction mechanisms of glycosyltransferases studied by Ab Initio molecular dynamics
Pavel Janoš -
Struktura a dynamika nukleových kyselin
Viktor Illík -
Struktura a dynamika RNA
Marek Havrila -
Molekulová dynamika a výpočty volných energii mono a di-nukleotidových analogů s potenciálním antibiotickým účinkem
Hana Zigová -
Modelling of transport properties of molecular ions of helium in air
Martin Beseda