Strategie pro detekci a diferenciaci izolátů Mycobacterium avium

Mgr. Pavel Hložek

Advanced ('rigorózní') thesis

Strategy for detection and differentiation of Mycobacterium avium izolates

Anotácia:

Zástupci druhu Mycobacterium avium zahrnující M. avium subsp. paratuberculosis, M. a. hominissuis, M. a. avium a M. a.silvaticum jsou v současné době považováni za nejčastější oportunně patogenní mykobakterie způsobující infekce u zvířat a lidí. Schopnost rozlišit zmíněné poddruhy je velmi důležitá pro správnou diagnózu a nastavení kontrolních programů pro tyto infekce. Úkolem práce bylo navrhnout a validovat strategii pro rychlou a specifickou detekci a diferenciaci poddruhů M. avium z bakteriálních kultur pomocí PCR (polymerázové řetězové reakce). Pro tento účel jsme vyvinuli multiplexní PCR metodu založenou na detekci genů kódujících IS900, IS901, IS1245 a dnaJ. Vyvinutá metoda multiplexní PCR umožňuje detekovat M. a. paratuberculosis, M. a. hominissuis a M. a. avium/M. a. silvaticum v jedné PCR reakci a teoreticky umožňuje rozlišit smíšenou infekci M. a. paratuberculosis a M. a. avium, nebo M. a. paratuberculosis a M. a. hominissuis. Sensitivita multiplexní PCR je 103 CFU každého testovaného bakteriálního kmene na PCR reakci, což umožňuje použití vyvinuté multiplexní PCR také pro přímou detekci z izolátů DNA silně infikovaných tkání ovcí.

Abstract:

The members of Mycobacterium avium species, comprising M. avium subsp. paratuberculosis, M. a. hominissuis, M. a. avium, M. a. silvaticum, are currently the most prevalent opportunistic pathogenic mycobacteria causing mycobacterial infection in animals and humans. The ability to distinguish between these subspecies is of relevance for proper diagnosis and control programmes of the diseases. The aim of this study was to design a fast and specific PCR strategy for the detection and differentiation of M. avium subspecies from the solid plate cultures for use in routine veterinary diagnosis. We have developed a multiplex PCR based on IS900, IS901, IS1245 and the dnaJ gene. This method allows the detection of M. a. paratuberculosis, M. a. hominissuis and M. a. avium/M. a. silvaticum in one PCR reaction and theoretically enables mixed infections of M. a. paratuberculosis and M. a. avium or M. a. paratuberculosis and M. a. hominissuis to be revealed. The sensitivity of this multiplex PCR is 103 CFU for each bacterial strain in one PCR reaction, which also enabled the use of this test directly for DNA isolated from the tissue of the heavily infected sheep.

Kľúčové slová

Mycobacterium avium, detekce, diferenciace, multiplexní PCR

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 9. 2008

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 10. 12. 2008
• Oponent: doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc., doc. RNDr, Ivan Rychlík, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Advanced ('rigorózní řízení') programme / odbor:
Biology / Molecular Biology and Genetics