Využitelnost hmotnostní spektrometrie (MALDI - TOF) v identifikaci salmonel a odlišení od jiných bakterií z čeledi Enterobacteriaceae. Určování a výskyt sérovarů Salmonella Enteritidis v materiálu Synlab Č. B.

Zuzana WIMMEROVÁ

Bachelor's thesis

Applicability of Mass spectrometry ( MALDI-TOF ) to classification and differentiation of other bacteria from genus Enterobacteriacae. Identification and incidence of Serovars Salmonela Enteritidis in matter from Synlab Č.B.

Abstract:

Jako téma mé bakalářské práce jsem si vybrala diagnostiku a výskyt rodu Salmonella. Rod Salmonella je poměrně častá příčina průjmových onemocnění, které se u nás velmi často vyskytuje. Toto téma jsem si vybrala proto, že diagnostika salmonel je velmi náročná z důvodu možnosti záměny s jinými bakteriemi z čeledi Enterobacteriaceae a dále je velmi složitá, protože existuje velké množství sérotypů salmonel. Chtěla jsem porovnat metody, které se využívají k diagnostice salmonel a zjistit, která metoda je pro laboratoře nejvýhodnější z hlediska časového, finančního, ale také která metoda je nejvíce přesná. Líbila se mi při rozhodování tématu také rozmanitost možnosti diagnostiky. Má bakalářská práce je rozdělená do dvou větších úseků. První úsek se zabývá literární rešerší, týkající se rodu Salmonella. Nejprve jsem v teoretické části popsala bakteriální buňku, která je důležitá z toho důvodu, protože pomocí složení buněčné stěny můžeme rozlišit grampozitivní a gramnegativní bakterie, a tím vyloučit při mikroskopii grampozitivní bakterie. Pomocí tohoto údaje můžeme určit užší okruh bakterií, což nám usnadní identifikaci. Dále jsem se zabývala Kauffmann - Whiteovým schématem, podle něhož rozlišujeme jednotlivé sérotypy rodu Salmonella. Toto schéma je velmi důležité z hlediska diagnostiky a zařazení určovaného sérotypu. Dále následuje rozdělení rodu Salmonella dle typu infekce. Zabývala jsem se antropopatogenními salmonelami a zoopatogenními salmonelami a uvedla jsem významná onemocnění, která jsou způsobená rodem Salmonella. Poté jsem ve své práci řešila výskyt salmonel, způsob šíření atd. V poslední kapitole jsem se zmínila o léčbě salmonelóz, uvedla jsem jednoduchý nástin známých antibiotik a léků, které se používají na léčbu salmonelóz. Uvedla jsem, také velmi známý lék Endiaron, který je vhodný pro léčbu salmonelóz a nemá žádné vedlejší účinky. V druhém úseku mé bakalářské práce se věnuji metodice, což je kapitola, která shrnuje postup, jenž se využívá při stanovování salmonel. Zde uvádím všechny části laboratorního výzkumu, od preanalytické části, jako například odběr a transport. Poté se věnuji laboratorní části a postanalytické části. Nejrozsáhlejší je laboratorní část, která obsahuje diagnostiku od kultivace, metody založené na biochemických vlastnostech a metodou MAlDI TOF. Dále jsem zmínila sklíčkovou aglutinaci a latexovou aglutinace. Cílem mé práce bylo porovnat metodu MALDI TOF s jinými biochemickými metodami při určování rodu Salmonella. Nejlepší řešení v diagnostice salmonel je podle mého názoru přístroj MALDI TOF, který je nejrychlejší metodou v porovnání se biochemickou řadou API 20E a identifikace pomocí biochemického klínu. Dalším cílem mé práce bylo zjistit výskyt rodu Salmonella ve všech ročních obdobích. Zjistila jsem, že nejvíce vyskytujícím se sérotypem je Salmonella Enteritidis, poté Salmonella Typhimurium a v těsné blízkosti za ní Salmonella Montevideo. Salmonella Enteritidis se v materiálu Synlab czech s. r. o. se objevila celkem 601krát. Salmonella Typhimurium se vyskytla v materiálu Synlab czech s.r.o. celkem 31krát a Salmonella Montevideo byla čítána 13krát. Celkově jsem za rok 2013 napočetla 701 kmenů. Zde jsem sledovala také "exotičtější" sérotypy, které sem byly dovezeny podle mého názoru z turistických destinací s nižší hygienickou úrovní. Nejvyšší výskyt byl zaznamenán na podzim (září, říjen, listopad) 268 kmenů. Druhý nejčastější výskyt byl pozorován v letních měsících (červen - srpen), kdy bylo diagnostikováno celkem 224 salmonel. V zimě bylo 124 kmenů a na jaře 105 kmenů. Nejvyšší výskyt salmonel byl překvapivě v měsíci září, k

Abstract:

dy bylo zachyceno 128 kmenů. Nejméně záchytů bylo zjištěno v měsíci březnu, kdy bylo nalezeno 24 kmenů.

Abstract:

The aim of my bachelor thesis, are diagnostics and presence of genus Salmonella. Salmonella is a relatively common cause of diarrheal disease, which occurs in our country very often. Reason to choose this topic? Diagnostics of salmonella is very difficult because of the possibility of confusion with other bacteria of Enterobacteriaceae family and large number of Salmonella serotypes. I wanted to compare the methods that are used to diagnose Salmonella and detect the best method for laboratories in term of time, financial, but also which method is the most accurate. The variety of diagnostic possibilities were also on of the key elements in decision making. This bachelor thesis is divided into two major sections. The first section deals with the literary searchers related to the genus Salmonella. In the theoretical part I described prokaryotic cell. That is difficult because according to cell membrane we differentiate gram positive and gram negative bacterium. It will facilitate the identification of bacterium. Then I dealt with Kauffmann - White's scheme, by which are distinguish the deferent serotypes of the genus Salmonella. This scheme is very important in terms of diagnosis and classification of serotype. After that follows dividing of the genus Salmonella according the infection types.I dealt with genus Salmonella, which can infect humans and animals. I mentioned about salmonellas disease. Thereafter was solved incidence of genus Salmonella, way of spreading, etc. In the last chapter was mentioned the treatment of salmonellosis. I introduced a simple listing of known antibiotics and drugs used to treat salmonella. I also noted known medicament Endiaron, which is convenient and has no side effects. The second part is dedicated to methodology, summarizing the procedure to be used by determination of salmonella. Here are present all parts of the laboratory research, beginning pre-analytical parts, such as the collection and transport. Then follow the laboratory and post laboratory part. The largest part is the laboratory part, in which are cultivation, biochemical method. There is something about MALDI TOFF and biochemical characterization. The aim of this work was to compare the method MALDI TOFF with other biochemics methods at determination the genus Salmonella. The best solution in diagnosis of salmonella is in my opinion a device MALDI TOFF, which is the fastest method in comparison with the slide agglutination and number of biochemics API 20E and biochemical wedge. The next aim of my work was to find out occurrence of genus Salmonella in a all seasons. I have found out, that's the most by found serotype is Salmonella Enteritidis, next is Salmonella Montevideo, and then close behind Salmonella Typhimurium. Salmonella Enteridis appeared in material synlab czech,s.r.o. 601 times total. Salmonella Typhimurium appeared in material synlab czech,s.r.o. 31 times total and Salmonella Montevideo 13 times. Overall I computed 701 tribes for year 2013. Also I also looked at the "exotic" serotypes that were imported here in my opinion from a tourist's destinations with lower levels of hygiene. The highest incidence was in the fall (September, October, November) - 268 tribes. The second most frequent occurrence was in sommer months (June - August). In this cases was diagnosed 224 salmonella in total. In the winter there were 124 genus and in spring there were 105. The most frequent occurrence was surpisingly in September - in total 128. The less result was measured in March with count of 24 genuses.

Keywords

Salmonelóza, biochemická řada, hmotnostní spektrometrie

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 11. 8. 2014

Accessible from:: 11. 8. 2014

Thesis defence

• Supervisor: MUDr. Radim Kramář, CSc.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Health and Social Studies

Bachelor programme / field:
Specialization in Health Service / Health Technician