Analýza polymorfismů HLA systému a jejich vliv na sarkoidózu

Mgr. Adam STRNAD

Master's thesis

Analysis of HLA polymorphisms and their influence on Sarcoidosis

Abstract:

Sarkoidóza je autoimunitní onemocnění neznámé etiologie, postihující převážně plíce. Na vzniku a rozvoji onemocnění se podílejí environmentální a genetické faktory. Genetické faktory onemocnění zahrnují především geny imunitního systému a jejich varianty. Mezi kandidátní lokusy patří oblast HLA systému a geny působící jako signální a imunomodulační při imunitních reakcích. Onemocnění je celosvětově rozšířené a role genetických aspektů se může lišit mezi různými populacemi a etniky. Dosavadní práce zabývající se imunogenetickým výzkumem sarkoidózy v řecké populaci se nezaměřovaly na HLA systém a jeho vliv na onemocnění. Cílem práce bylo analyzovat HLA lokusy pacientů se sarkoidózou pocházejících z Řecka. Analýza proběhla pomocí sekvenování NGS Illumina MiSeq a statistického hodnocení získaných dat. Tato práce potvrdila spojitost se sarkoidózou u již dříve publikovaných alelových variant. Zároveň bylo objeveno několik HLA alelových variant, především z HLA II. třídy, silně asociovaných se sarkoidózou, které zatím nebyly zmiňovány v literatuře v souvislosti s tímto onemocněním. Na základě těchto výsledků z NGS bylo vybráno a analyzováno 7 SNP pomocí metody MassARRAY?, z nichž u 2 byla zjištěna asociace s klinickými fenotypy onemocnění.

Abstract:

Sarcoidosis is an autoimmune disease of unknown etiology, mainly affecting the lungs. Environmental and genetic factors contribute to the origin and development of the disease. Genetic factors of the disease mainly include genes of the immune system and their variants. Candidate loci include the HLA system region and genes which are signalling and immunomodulatory in immune responses. The disease is widespread worldwide and the role of genetic aspects may vary between subsequent populations and ethnicities. Current immunogenetic research studies of sarcoidosis in Greek populations do not focus on the HLA system and its effect on the disease. In this study was performed analysis of HLA loci in patients with sarcoidosis originating in Greece. The analysis was performed by sequencing NGS Illumina MiSeq and statistical evaluation of the obtained data. This study confirms the connection with sarcoidosis in previously published allele variants. Several HLA allele variants were discovered, mainly from HLA class II, strongly associated with sarcoidosis, which have not been published yet in the literature in connection with this disease. Based on these NGS results, 7 SNPs were selected and analyzed using MassARRAY? method, 2 of which were associated with clinical disease phenotypes.

Keywords

HLA, sarkoidóza, SNP, MassARRAY, patogeneze, NGS, genotypizace

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 2. 5. 2021

Thesis defence

• Date of defence: 31. 5. 2021
• Supervisor: prof. MUDr. Martin Petřek, CSc.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Master programme / field:
Biotechnology and Genetic Engineering / Biotechnology and Genetic Engineering