Rozšíření prostředí Cytoscape o modul pro analýzu proteinových sekvencí

Bc. Tomáš Bayer

Bakalářská práce

Protein sequence analysis plugin for the Cytoscape computing environment

Anotace:

Cílem práce je vytvořit zásuvný modul pro bioinformatický nástroj Cytocape, vhodný pro analýzu proteinových sekvencí. Třemi hlavními funkcemi modulu jsou import dat ve formátu PDB, získání anotací z databáze UniProt a propojení dvou forem zobrazení proteinu – grafu a trojrozměrného modelu.

Abstract:

The objective of the thesis is to create a plugin module for the Cytoscape bioinformatics software platform suitable for analysis of protein sequences. The three main features of the module are the import of data in the PDB file format, retrieval of annotations from the UniProt database and interconnecting of two forms of protein depiction – graph and 3D model.

Klíčová slova

Cytoscape, zásuvný modul, protein, struktura proteinu, graf, Protein Data Bank, souborový formát PDB, InterPro, UniProt

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 21. 5. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2012
• Vedoucí: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika