Metody stanovení genetického založení vybraného druhu hospodářských zvířat

Eliška Vrbová

Bachelor's thesis

Methods for determining the genetic levels of a selected species of livestock.

Anotácia:

Bakalářská práce se zaměřuje na shromáždění a zpracování světové literatury k vytvoření literárního rozboru genetického hodnocení, se zaměřením na odhad genetických parametrů populace a odhadu plemenné hodnoty jedince. Vybraným druhem hospodářského zvířete je skot se zaměřením na plemeno Holštýn. Daný druh byl vybrán na základě autorovy preference a zájmu o konkrétní problematiku. V práci je stručně popsán genom skotu včetně jeho mapování a využití. Dále se práce zabývá obecnými cíli a postupy ve šlechtění zaměřenými na dnešní cíle a požadavky v chovu včetně budoucích zaměření. Následně práce podrobněji zpracovává podstatu a význam plemenné hodnoty, na kterou navazuje odhad plemenné hodnoty. Zde je nastíněna důležitost zdroje informací jako je jejich původ, metoda sběru, spolehlivost, transparentnost a jednotnost napříč zeměmi. Plemenná hodnota může být odhadována pomocí mnoha metod. V současné době je nejvyužívanější metoda BLUP-AM, která se snaží o co nejpřesnější odhad genetického založení jedince. Tato práce se podrobněji věnuje nejčastějším metodám, mezi které patří již zmíněná metoda BLUP-AM, BLUP, metody využívající genetické markery MAS, metody využívající lineární regresi, odhady genetických korelací, sekvencování DNA, metody využívající genomické informace, genomická selekce nebo ssGBLUP. V práci je kladen důraz kromě výhod, nevýhod a využití metod, také na spolehlivost dané metody a její předpovědi. Druhá polovina práce se zabývá praktickým využitím a aplikací odhadu plemenných hodnot s názornými příklady. Vybrány byly dílčí odhady plemenných hodnot pro nejdůležitější vlastnosti holštýnského skotu a také vlastnosti, které je třeba zohlednit, případně v některých zemích zařadit do celkového selekčního indexu a šlechtitelského cíle.

Abstract:

The Bachelor's thesis focuses on the collection and processing of world literature to create a literary analysis of genetic evaluation, with a focus on estimating genetic parameters of population and estimating breeding values of individuals. The selected type of livestock is cattle, with a focus on the Holstein breed. This species was chosen based on the author's preference and interest in a specific issue. The thesis briefly describes the cattle genome, including its mapping and use. Furthermore, the thesis deals with general goals and breeding procedures focused on current breeding goals and requirements, including future orientations. Subsequently, the thesis elaborates on the essence and significance of breeding values, followed by an estimation of breeding values. The importance of information sources such as origin, collection method, reliability, transparency, and uniformity across countries is outlined here. Breeding value can be estimated using many methods. Currently, the most commonly used method is BLUP-AM, which aims to provide the most accurate estimate of an individual's genetic makeup. This thesis focuses in detail on the most common methods, including the aforementioned BLUP-AM method, BLUP, methods using genetic markers MAS, methods using linear regression, estimates of genetic correlations, DNA sequencing, methods using genomic information, genomic selection, or ssGBLUP. In addition to discussing the advantages, disadvantages, and uses of these methods, the thesis also emphasizes the reliability of each method and its predictions. The second half of the thesis deals with practical applications of breeding value estimation, with illustrative examples. Partial breeding value estimates were selected for the most important traits of Holstein cattle, as well as traits that need to be considered, or included in the overall selection index and breeding goal in some countries.

Kľúčové slová

genetické korelace, GEBV, BLUP, zvýšení odolnosti, plemenná hodnota

Keywords

breeding value, genetic correlation, GEBV, BLUP, restistance improvement

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 24. 4. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 26. 5. 2023
• Vedúci: prof. Ing. Luboš Vostrý, Ph.D.
• Oponent: Barbora Hofmanová, Ph.D.

Czech University of Life Sciences Prague

Faculty of Agrobiology, Food and Natural Resources

Bachelor programme:
Animal Production