Struktura a dynamika RNA

Bc. Marek Havrila, Ph.D.

Diplomová práce

Structure and dynamics of RNA

Abstract:

This thesis deals with the study of base mutations in sarcin/ricin motif using molecular dynamics simulations and bioinformatics approaches. The aim of the study is to discover how the structure of the sarcin/ricin motif depends on its seqence. There is the stucture of the RNA molecules, basics of database searching for RNA molecules and principals of molecular dynamics described in the theoretical section of this thesis. The practical part presents list of the 57 crystal structures found via 3D search in PDB database. However, only 40 of them might be considered to be sarcin/ricin motifs. Using molecular dynamics simulations, the thesis also tries to explain lack of some isosteric (geometrically similar) base pair substitutions within the studied motif in the crystallographic data. Additionally, the resume of structure characteristics of the sarcin/ricin motif in dependence on sequence of the nucleotides is listed.

Abstract:

Táto práca sa zaoberá štúdiom mutácií báz v sarcín/ricín motíve pomocou molekulových dynamických simulácií a bioinformatických metód. Cieľom práce je odhaliť štruktúrne vlastnosti sarcín/ricín motívu v závislosti na jeho sekvencii. V teoretickej časti opisuje štruktúru RNA, metódy vyhľadávania štruktúr RNA v databázach a teoretické základy molekulovej dynamiky. V praktickej časti uvádza zoznam 57 nájdených kryštálových štruktúr, z ktorých 40 môže byť považovaných za sarcín/ricín motív. Tiež študuje rôzne varianty tohto motívu, pomocou molekulovej dynamiky a objasňuje absenciu niektorých izosterických párov báz v študovanom motíve. Na záver podáva prehľad o štruktúrnych vlastnostiach sarcín/ricín motívu, v závislosti na sekvencii nukleotidov, ktoré ho tvoria.

Klíčová slova

RNA, štruktúra RNA, molekulová dynamika, sarcín/ricín motív, RNA structure, Molecular dynamics, Sarcin/ricin domain

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 11. 5. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2012
• Vedoucí: prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Fyzika / Biofyzika