Studium RNA-interakčního místa pomocí výpočetních metod a nukleární magnetické rezonance – Bc. Pavel Kohl
Bc. Pavel Kohl
Master's thesis
Studium RNA-interakčního místa pomocí výpočetních metod a nukleární magnetické rezonance
Computational and NMR study of RNA-intercting site
Abstract:
Tato diplomová práce studuje možnosti dokovacích nástrojů a molekulové dynamiky při studiu interakčního místa PAZ domény Argonaute proteinu v RNA interferenci. Pomocí výpočetních programů, které jsou voleny s ohledem na rozdílné přístupy hodnocení a molekulového dokování, se zaměřuje na vybrání vhodných ligandů z mnoha databázových struktur. U nalezených kandidátů byl vyhodnocen společný farmakofor …moreAbstract:
This thesis studies the possibility of docking and molecular dynamics tools in the study of the interaction space PAZ domain in RNA interference. Using the computing applications, which are chosen with regard to different methods of classification and molecular docking, the thesis is focusing on choosing proper ligands from many database structures. A common pharmacophor was analysed among found candidates …more
Language used: Czech
Date on which the thesis was submitted / produced: 19. 5. 2014
Identifier:
https://is.muni.cz/th/o3831/
Thesis defence
- Date of defence: 16. 6. 2014
- Supervisor: Mgr. Karel Kubíček, PhD.
Citation record
ISO 690-compliant citation record:
KOHL, Pavel. \textit{Studium RNA-interakčního místa pomocí výpočetních metod a nukleární magnetické rezonance}. Online. Master's thesis. Brno: Masaryk University, Faculty of Science. 2014. Available from: https://theses.cz/id/xh8i39/.
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasaryk University
Faculty of ScienceMaster programme / field:
Physics / Biophysics
Theses on a related topic
-
Molekulární dokování vybraných steroidních receptorů
Karolína PLÁNKOVÁ -
Studium protein-RNA interakcí pomocí kryoelektronové mikroskopie
Nikola Nosková -
Studium interakčního místa RNA-vázajícího proteinu pomocí NMR a výpočetních metod
Tomáš Hošek -
Computational and NMR characterization of intrinsically disordered protein regions
Vojtěch Zapletal -
Přiřazení NMR spekter dimerizační domény regulační podjednotky RII cAMP dependentní proteinkinasy
Zuzana Janáčková -
Možnosti využití průtokového bioreaktoru pro kontrolu homeostáze vnitrobuněčného prostředí a metabolického stavu buňky v průběhu in-cell NMR experimentu
Šárka Kargerová -
Characterization of non-B DNA structures using NMR spectroscopy
Ilektra-Chara Giassa -
Charakterizace nukleových kyselin v komplexním prostředí živých buněk pomocí in-cell NMR spektroskopie
Michaela Krafčíková