Studium RNA-interakčního místa pomocí výpočetních metod a nukleární magnetické rezonance – Bc. Pavel Kohl
Bc. Pavel Kohl
Diplomová práce
Studium RNA-interakčního místa pomocí výpočetních metod a nukleární magnetické rezonance
Computational and NMR study of RNA-intercting site
Anotace:
Tato diplomová práce studuje možnosti dokovacích nástrojů a molekulové dynamiky při studiu interakčního místa PAZ domény Argonaute proteinu v RNA interferenci. Pomocí výpočetních programů, které jsou voleny s ohledem na rozdílné přístupy hodnocení a molekulového dokování, se zaměřuje na vybrání vhodných ligandů z mnoha databázových struktur. U nalezených kandidátů byl vyhodnocen společný farmakofor …víceAbstract:
This thesis studies the possibility of docking and molecular dynamics tools in the study of the interaction space PAZ domain in RNA interference. Using the computing applications, which are chosen with regard to different methods of classification and molecular docking, the thesis is focusing on choosing proper ligands from many database structures. A common pharmacophor was analysed among found candidates …více
Jazyk práce: čeština
Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2014
Identifikátor:
https://is.muni.cz/th/o3831/
Obhajoba závěrečné práce
- Obhajoba proběhla 16. 6. 2014
- Vedoucí: Mgr. Karel Kubíček, PhD.
Citační záznam
Plný text práce
Obsah online archivu závěrečné práce
Zveřejněno v Theses:- světu
Jak jinak získat přístup k textu
Instituce archivující a zpřístupňující práci: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasarykova univerzita
Přírodovědecká fakultaMagisterský studijní program / obor:
Fyzika / Biofyzika
Práce na příbuzné téma
-
Molekulární dokování vybraných steroidních receptorů
Karolína PLÁNKOVÁ -
Studium protein-RNA interakcí pomocí kryoelektronové mikroskopie
Nikola Nosková -
Studium interakčního místa RNA-vázajícího proteinu pomocí NMR a výpočetních metod
Tomáš Hošek -
Charakterizace nukleových kyselin v komplexním prostředí živých buněk pomocí in-cell NMR spektroskopie
Michaela Krafčíková -
Computational and NMR characterization of intrinsically disordered protein regions
Vojtěch Zapletal -
Možnosti použití syntetických, teplotně citlivých polymerů pro imobilizaci savčích buněk v in-cell NMR spektroskopii
Šárka Pospíšilová -
Characterization of non-B DNA structures using NMR spectroscopy
Ilektra-Chara Giassa -
Přiřazení NMR spekter dimerizační domény regulační podjednotky RII cAMP dependentní proteinkinasy
Zuzana Janáčková