Hmotnostní spektrometrie v charakterizaci komplexní směsi proteinů

Mgr. Kamil Mikulášek, Ph.D.

Disertační práce

Mass spectrometric characterisation of complex protein mixtures

Anotace:

Zpracování vzorku rostlinného původu bude vždy velkou výzvou při analýze proteomu pomocí hmotnostní spektrometrie přístupem zdola, a to především díky složitosti matrice a přítomnosti interferujících látek. První část práce je založena na představení a porovnání vybraných technik (SP3 Carboxy, SP3 HILIC, FASP, S-Trap) pro zpracování komplexního materiálu, které vychází z konceptu přípravy vzorku tzv. v jedné zkumavce (single vessel method). Těžištěm práce je porovnání těchto technik při analýze modelového vzorku Arabidopsis thaliana. U metody SP3 Carboxy je poté provedena optimalizace a je kriticky posouzena proti rutinně používané metodě FASP. V druhé části práce jsou představeny různorodé studie, jejímž společným motivem je identita proteinů. Tyto projekty dávají čtenáři možnost nahlédnout a získat představu o tom, jak široký je aplikační potenciál celého proteomického přístupu zdola.

Abstract:

The sample preparation of plant material will always be challenge for proteome analysis by bottom-up mass spectrometry approach. It is especially thanks to complexity of used matrix and high content of interfering compounds. The first part of thesis deals with assessment of selected single vessel methods (SP3 Carboxy, SP3 HILIC, FASP, S-Trap) for processing of high complex peptide mixture prior to LC-MS/MS. The main message of the experimental part is method comparison during the Arabidopsis thaliana analysis. Then the SP3 Carboxy method is subjected to optimizing procedure following by its critical judgement against routinely used FASP method. The second part of experimental chapter explained the collaborative manuscripts whereas the protein identity is essence of these studies. These projects enable to readers explore in depth the diversity of bio-mic studies.

Klíčová slova

Hmotnostní spektrometrie, proteomika, přístup zdola, příprava vzorku, FASP, SP3 carboxy, SP3 HILIC, S-Trap, identifikace proteinů, Mass spectrometry, proteomics, bottom up, sample preparation, protein identification

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 27. 4. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 31. 5. 2021
• Vedoucí: doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
• Oponent: prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D., prof. Mgr. Marek Šebela, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Doktorský studijní program / obor:
Genomika a proteomika / Genomika a proteomika