Studium variability DNA mrkve obecné a příbuzných druhů

Kristýna Smolová

Bachelor's thesis

Study of DNA variability in carrot and related species

Anotácia:

Tato práce zahrnuje studium literárního i praktického hlediska variability DNA vy-braných druhů čeledi Apiaceae. Cílem bylo také zkoušet a ověřovat přenositelnost mi-krosatelitních markerů navržených pro mrkev a kumin na příbuzné druhy. Praktická část byla vypracována pomocí metod izolace DNA, PCR amplifikace a elektroforetické sepa-race na agarózovém i polyakrylamidovém gelu. Za použití celkem 13 SSR markerů u 15 odrůd různých zástupců z čeledi miříkovitých (mrkev, celer, petržel, pastinák a kopr) bylo nalezeno 98 alel s velikostí mezi 140 a 400 bp. Poté byly sestaveny binární matice a vypočteny charakteristiky pro každý z použitých markerů, jejichž hodnoty dokazují vy-sokou využitelnost pro studium genetické variability u všech uvedených druhů s výjimkou kopru. Na základě výsledků byl zpracován dendrogram naznačující blízké i vzdálené vztahy mezi jednotlivými odrůdami a druhy plodin. Výsledky byly srovnány s podobně zaměřenými odbornými studiemi.

Abstract:

This thesis includes the study of the literary as well as practical aspects of DNA variability in selected species of Apiaceae family. Among the objectives were also an examination and a verification regarding the transferability of microsatellite markers designed for carrot and cumin to related species. The practical part was elaborated by using methods of DNA isolation, PCR amplification and electrophoretic separation on both agarose and polyacrylamide gel. Using a total of 13 SSR markers in 15 varieties of various representatives from the Umbelliferae family (carrot, celery, parsley, parsnip and dill), 98 alleles of the size differing from 140 to 400 bp have been found. Then, binary matrices were compiled and characteristics for each of the markers used were calculated, the values of which demonstrate high utility for the study of genetic variability in all species except dill. Based on the results, the dendrogram was developed, indicating the close and distant relationships between individual varieties and sorts of crops. The results were compared with similarly focused expert studies.

Kľúčové slová

přenositelnost SSR markerů, Daucus carota L., Apium graveolens L., Petroselinum crispum, Pastinaca sativa L., Anethum graveolens L., PCR

Keywords

Daucus carota L., Apium graveolens L., Petroselinum crispum, Anethum graveolens L., PCR, transferability of SSR markers, Pastinaca sativa L.

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 25. 4. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: doc. Ing. Tomáš Vyhnánek, Ph.D.
• Oponent: Helena Stavělíková, externi

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Bachelor programme / odbor:
Agrobiology / Molecular biology and biotechnology