Vizualizace pro porovnávání sekvencí proteinů

Bc. Pavol Ulbrich

Diplomová práce

Comparative visualization of protein sequences

Anotace:

Pre lepšie porozumenie zloženia a priestorového zoskupenia proteínových sekvencií, tým pod vedením L. Kocincovej navrhol inovatívnu metódu komparatívnej vizuálizácie, ktorá kombinuje tradične používané 1D a 3D zobrazenia. Jej hlavný prínos je v schopnosti pozorovať priestorové rozdiely medzi proteínovými reťazcami bez problémov s prekrývaním, často badateľných v 3D pohľadoch. Avšak praktická implementácia tejto metódy ostala nedokončená. Úlohou tejto práce je vytvoriť webovú aplikáciu pre komparatívnu vizualizáciu proteinových sekundárnych štruktúr, ktorá bude ťažiť z kladov Kocincovej metódy. Vytvorený nástroj bude schopný štrukturálne aj sekvenčne zarovnávať porovnávané proteíny, využívajúc moderné metódy založené na evolučne príbuzných reziduách, ktoré zachovávajú presné zarovnanie sekundárnych štruktúr.

Abstract:

To better understand the constitution and spatial arrangement of protein sequences, L. Kocincová et al. proposed a novel method of comparative visualization, which combines traditionally used 1D and 3D representations. Its main contribution is the ability to observe the spatial differences between the proteins without any occlusion problems, commonly present in 3D view. However, the practical implementation of the innovative method has remained unfinished. This thesis aims to create a web application for comparative visualization of protein secondary structures, which will benefit from the qualities of the method proposed by Kocincová et al. In addition, the tool will provide both sequential and structural protein alignment based on modern methods, which rely on evolutionarily-related residues and ensure a precise alignment of secondary structures.

Keywords

molecular visualization, molecular analysis, protein, alignment, structure, sequence, comparison, Protein Data Bank, d3.js

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 21. 5. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 20. 6. 2018
• Vedoucí: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Jan Byška, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Informatika / Počítačová grafika