Identifikace peptidů navázaných na MHC I molekulách pomocí hmotnostní spektrometrie

Bc. Lubomír MACHALLA

Master's thesis

Identification of MHCI bound peptides using a mass spectrometry

Anotácia:

Dendritické buňky jsou buňky imunitního systému, které propojují jeho vrozenou a získanou část. Patří mezi tzv. profesionální antigen prezentující buňky, které dokáží pohltit antigen pomocí fagocytózy a následně takový antigen rozložit na peptidové fragmenty. Tyto fragmenty poté dendritická buňka vystavuje na svém povrchu pomocí MHC molekul. V rámci diplomové práce byla věnována pozornost MHC I molekule a peptidům nacházejícím se na této molekule. K dendritickým buňkám byl přidán rekombinantní RBD protein pocházející z viru SARS-CoV-2. Pomocí imunoafinitní chromatografie byl komplex MHC I - peptid izolován z buněčného lyzátu. Následovalo štěpení komplexu MHC I - peptid trypsinem a kapalinová chromatografie, kde byly odseparovány jednotlivé peptidy. Identifikace peptidů byla provedena pomocí hmotnostní spektrometrie. Celkově analýza byla provedena 3x z důvodu optimalizace metody. Získané aminokyselinové sekvence peptidů byly následně porovnány pomocí databáze UniProt.

Abstract:

Dendritic cells are cells of the immune system that connect its innate and adaptive parts. Dendritic cells belong to the group called professional antigen-presenting cells, which can absorb the antigen by phagocytosis and subsequently break down the antigen into peptide fragments. These fragments are then displayed on the cell surface using MHC molecules. Within the diploma thesis, attention was paid to the MHC I molecule and peptides bound on this molecule. To the dendritic cells was added recombinant RBD protein derived from SARS-CoV-2. The MHC I - peptide complex was isolated from the cell lysate by immunoaffinity chromatography. After that complex MHC I - peptide was digested by trypsin and peptides from the complex were separated by liquid chromatography. To the identification of peptides was used mass spectrometry. The analysis was performed 3 times to optimize the method. The obtained amino acid peptide sequences were compared using the UniProt database.

Kľúčové slová

Dendritické buňky, Spike protein, receptor vázající doména, hlavní histokompatibilní komplex, peptid, hmotnostní spektrometrie

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 4. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: Mgr. Kateřina Zachová, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biochemistry / Biochemistry