Bioinformatické analýzy "-omů" parazitických červů se zaměřením na serinové peptidázy Eudiplozoon nipponicum

Bc. Jiří Vorel

Master's thesis

The bioinformatic analyses of "-omes" of helminths with special focuse on serine peptidases of Eudiplozoon nipponicum

Anotácia:

Tato práce se zabývá transkriptomovou analýzou a vyhodnocením sekvenačních dat hematofágního helminta Eudiplozoon nipponicum (Monogenea: Diplozoidae). Sekvenační data byla získána prostřednictvím sekvenátoru nové generace Illumina MiSeq a zpracována pomocí specializovaných softwarových nástrojů. Hlavním přínosem předkládané práce je vygenerování datové platformy, na jejímž základě je možné identifikovat geny kódující funkčně důležité proteiny E. nipponicum, např. trávící peptidázy. Tyto enzymy jsou z obecného pohledu esenciální pro život parazitických helmintů, a proto jsme i v případě E. nipponicum některé z nich – vybrané serinové peptidázy, poprvé připravili v rekombinantní formě, za účelem následující molekulárně-biochemické charakterizace.

Abstract:

This thesis is focused on transcriptomic analysis and evaluation of sequence data of hematophagous helminth Eudiplozoon nipponicum (Monogenea: Diplozoidae). Sequence data were generated by next generation sequenator Illumina MiSeq and processed by specialized software tools. Major contribution of this thesis is a development of data platform which is possible to use for identification of genes coding the functionally important proteins of E. nipponicum, e.g. digestive peptidases. These enzymes are generally essential for life of parasitic helminths and therefore some of them – the selected E. nipponicum serine peptidases were for the first time prepared in recombinant form, in order to further molecular-biochemical characterisation.

Kľúčové slová

Eudiplozoon nipponicum, parazitičtí helminti, sekvenování nové generace, transkriptomová analýza, bioinformatika, peptidázy, rekombinantní proteiny, parasitic helminths, next generation sequencing, transcriptome analysis, bioinformatics, peptidases, recombinant proteins

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 5. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 4. 6. 2015
• Vedúci: RNDr. Martin Kašný, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biochemistry / Genomics and Proteomics