Strukturně-funkční analýza modelových čtyřřetězcových uspořádání DNA

Bc. Tereza Pavlicová

Bakalářská práce

Structural and functional analysis of model tetra-stranded DNA conformations

Anotace:

V posledních letech je kladen velký důraz na výzkum struktury DNA, zejména pak ve spojitosti s léčbou různých onemocnění. Guaninové kvadruplexy (G4) jsou typ sekundární struktury nukleových kyselin vyskytující se jak v DNA, tak i v RNA. Velká část lidského genomu obsahuje sekvence, které mohou kvadruplex vytvářet, například oblasti na koncích chromozomů a regulační oblasti genů. Nejnovější výzkumy potvrzují, že G-kvadruplexy mají významný vliv na regulaci biologických procesů, jako například replikace DNA, transkripce a translace. Předmětem této bakalářské práce je ověřit chování modelových kvadruplexů pomocí spektrofotometrických, elektromigračních a sondovacích metod v různých podmínkách. Součástí práce je také ověření vlivu interakce s komplementární sekvencí ke koncovým oblastem sekvence kvadruplexu na samotnou strukturu kvadruplexu.

Abstract:

In recent years, great emphasis has been placed on DNA structure research, especially in conjunction with the treatment of several illnesses. Guanine quadruplexes (G4) are the type of nucleic acid secondary structure which normally occur both in DNA and in RNA. A significant part of the human genome contains sequences that are able to form quadruplexes, for example in telomeric regions at the end of chromosomes and in the regulatory promoter region of various genes. The latest researches confirm that G-quadruplexes have a significant impact on the regulation of biological processes such as DNA replication, transcription, and translation. The aim of the presented bachelor’s thesis is to verify the forming of model quadruplexes with the help of spectrophotometric, electromigration and probing methods in various conditions. Verification of the impact of the interaction between the complementary sequences and end-areas of quadruplex sequences to the quadruplex structure is included as well.

Klíčová slova

CD spektroskopie, neobvyklé sekundární struktury DNA, guaninový kvadruplex, CD spectroscopy, unusual secondary structures of DNA, guanine quadruplex

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 25. 6. 2019
• Vedoucí: Mgr. Daniel Renčiuk, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie