Genetic Diversity of the Immunogenome in Equids and Associations with Disease

Mgr. Ján Futas, Ph.D.

Doctoral thesis

Anotácia:

Současné druhy koňovitých představují z evolučního pohledu zajímavou, rychle se vyvíjející čeleď savců. Jedná se o skupinu druhů, zahrnující jak zdomácnělá hospodářská zvířata (kůň, osel) tak volně žijící druhy (zebra, poloosly), jejichž populace obývají různá prostředí a jsou často ohrožena. Fenotypová variabilita mezi druhy i uvnitř druhů byla modelována mnohými faktory, které vedly k vytvoření genetické diverzity různého rozsahu. Studium genetické diverzity může být využito obecně pro srovnávací biologii nebo medicínu a je podkladem pro konzervační programy u některých druhů a plemen. Imunogenom je tvořen souborem genů imunitní odpovědi a genů souvisejících s imunitou, tyto geny jsou klíčové k přežití a uchování zdraví organismu. Veterinární vědy se snaží poznat roly imunogenomu u různých chorob domácích zvířat včetně koňovitých. V roce 2007 byla zveřejněna úplná sekvence koňského genomu, která umožnila detailnější objasnění částečně popsaného imunogenomu u koní a i jiných druhů koňovitých. Předkládaná disertační práce se zabývá charakterizací a porovnáním genetické diverzity imunogenomu koňovitých, identifikací vhodných molekulárních markérů k popisu genetické diverzity genů souvisejících s imunitou v populacích koňovitých a testováním asociací těchto markérů s onemocněním. Přispění autora k jednotlivým bodům je dokumentováno šesti kolektivními publikacemi a jednou prací připravenou k předložení.

Abstract:

The Equidae represent an interesting family of mammals in evolutionary point of view. This group of rapidly evolved species is comprised of domesticated livestock animals (horse, donkey) as well as free ranging animals (zebra, asses) living in different environments; and often endangered. Many factors shaped the phenotypic variability between or within species and created genetic diversity. Studies of genetic diversity of specific populations represent an informative tool for comparative biology and medicine as well as for conservation genetics. The immunogenome represents a collection of immune response and immunity-related genes necessary for survival and health. Veterinary sciences seek to decipher its role in disease in animal species, including Equids. The assembly of horse full-length genome sequence in 2007 facilitated detailed study of the so far fragmentary characterized immunogenome of domestic horses and other Equids. This dissertation characterized and compared immune-related genetic diversity of populations of various Equids, and its associations with disease. Author’s contribution to these areas is documented on six published collaborative papers and one paper prepared for publication.

Keywords

genetická diversita, jednonukleotidový polymorfismus, mikrosatelit, asociace, nemoc, kůň, osel, genetic diversity, single nucleotide polymorphism, microsatellite, association, disease, horse, donkey

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 28. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 25. 6. 2014
• Vedúci: prof. MVDr. RNDr. Petr Hořín, CSc.
• Oponent: doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D., prof. MVDr. Jiří Rubeš, CSc.

Masaryk University

Faculty of Science

Doctoral programme / odbor:
Biology (4-years) / General and Molecular Genetics