QF PCR v molekulární diagnostice NF1

Bc. Jitka Danadová

Master's thesis

QF PCR in NF1 diagnostics

Abstract:

Neurofibromatóza typu 1 je relativně časté autozomálně dominantní onemocnění. Až 50 % mutací vzniká de novo. Změny postihují bez výrazných ‚hot spot‘ oblastí celý gen a kromě dvou výjimek nejsou známy korelace mezi genotypem a fenotypem. Pro detekci delecí v genu NF1 se využívá analýza MLPA. Tato analýza umožňuje detekovat jak jedno- / multiexonové delece či duplikace, tak del / dup celého genu. Cílem mé diplomové práce bylo navrhnout algoritmus diagnostiky delečních změn v NF1 genu. Jako druhá nezávislá metoda analýzy delečních změn byla v návaznosti na analýzu MLPA zvolena kvantitativní fluorescenční PCR (QF PCR). Tato metoda byla pro jednotlivé exony genu NF1 optimalizována a byla zavedena do běžné praxe laboratoře. Zavedená metodika QF PCR byla též aplikována v detekci delečních či duplikačních změn i u dalších genů, které s NF1 onemocněním nesouvisí. Toto potvrdilo správnost metodického přístupu vhodného pro ověřování detekovaných delecí na DNA.

Abstract:

Neurofibromatosis type 1 is relatively common autosomal dominant disorder. Up to 50 % of mutations arise as de novo mutations. Changes involve the whole gene without specific hot spot regions and except two cases there isn‘t any known genotype-phenotype correlation. For the detection of deletions in NF1 gene a MLPA analysis is utilized. This analysis enables localization of single or multiexone deletions or duplications as well as del / dup of the whole gene. The aim of my diploma thesis was to design an algorithm for the diagnostics of NF1 gene changes. As a second independent method for an analysis of deletion changes, following the MLPA analysis, a quantitative fluorescent PCR (QF PCR) has been chosen. This method was optimized for each exon of NF1 gene and it was implemented for routine in laboratory. The established methodology QF PCR was also applly for the detection of deletions and duplications in other genes, not related to NF1 disorder. That confirmed the correct methodical approach in verification of DNA detected deletions.

Keywords

QF PCR, MLPA, neurofibromatóza typu 1, neurofibromatosis type 1

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 13. 5. 2013

Thesis defence

• Date of defence: 12. 6. 2013
• Supervisor: RNDr. Jitka Kadlecová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics