Rozpoznávání křížových struktur v DNA a jejich analýza in silico

Bc. Michal Morávek

Bachelor's thesis

Recognition of cruciform structures in DNA and its in silico analysis

Anotácia:

Křížové struktury patří mezi sekundární struktury DNA. Často se vyskytují v promotorech genů, kde s proteiny regulují nejrůznější buněčné procesy. Existuje několik rodin proteinů, které se vážou spíše na strukturu DNA než na specifické cílové sekvence. Tyto proteiny se dále podílí na opravách DNA, modelování chromatinu, regulace transkripce, regulace replikace DNA a dalších aktivitách v buňce.V této bakalářské práci jsou detekovány sekundární struktury v DNA, konkrétně křížové struktury, pomocí nukleáz S1 a ScaI. Dále byla snaha detekovat tyto struktury i štěpením pomocí Nd3+ iontů. Sekvence schopné tvorby křížových struktur byly zároveň analyzovány i pomocí volně dostupné webové aplikace Palindrom finder.

Abstract:

Cruciforms belongs to DNA secondary structures. They are often present in promoters of genes, where they regulate various cellular processes. There are several protein families that bind to DNA structures rather than to specific target sequences. These proteins take part in DNA repair, remodeling of chromatin, transcription regulation, replication regulation and more.In this bachelor thesis I try to detect secondary DNA structures, specifically cruciforms, by S1 and ScaI nucleases. Further there was effort to detect these structures by DNA cleavage by Nd3+ ions. Sequences capable of forming cruciforms were analyzed by freely accessible web application Palindrom finder.

Kľúčové slová

křížová struktura, genová stabilita, DNA, chromatin

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 13. 6. 2017
• Vedúci: doc. Mgr. Václav Brázda, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biochemistry / Biochemistry