Genový tok v rámci plemene český fousek

Silvie Neradilová

Master's thesis

Gene-flow within cesky fousek breed

Abstract:

Tato studie se zabývá srovnáním genetických parametrů plemene český fousek (ČF) a dalších tří plemen ohařů (německý drátosrstý ohař (DD), Korthalsův grifon (KG), německý krátkosrstý ohař (NKO)) za využití 19 mikrosatelitových markerů. Bylo předpokládáno, že plemeno ČF bude ve srovnání s ostatními plemeny vykazovat vyšší míru homozygozity a že si budou s plemenem DD geneticky bližší než s ostatními plemeny. Také byl předpoklad výrazného genového toku mezi plemeny ČF a KG. Cílem studie bylo zjistit míru genetické divergence mezi plemeny, popis genetické variability plemen a základních genetických parametrů a zjištění možných rozdílů v genetické architektuře plemene českých fousků z důvodu různých podmínek chovu v zahraničí a v ČR. Vzorky psů byly získány neinvazivní metodou - stěr z bukální sliznice. Bylo analyzováno celkem 414 jedinců (213 ČF, 118 DD, 42 NKO a 39 KG). Klastrovací analýzy naznačují, že plemeno ČF je izolováno od ostatních plemen. Všechna plemena tvořila samostatné skupiny, avšak vyšší míra genetické variability uvnitř plemene byla zjištěna pro KG. To by mohlo být způsobeno tím, že část vzorků pocházela od psů registrovaných AKC jako čistokrevní grifoni. Druhá část vzorků pocházela od jedinců z klubu WPGCA, kde je už téměř 30 let přilévána krev českých fousků do plemene Korthalsův grifon a tito jedinci jsou zřejmě geneticky odlišní. V některých případech byl zjištěn výrazný genový tok z plemene ČF do plemene KG. Nebyly nalezeny žádné výrazné rozdíly mezi jedinci ČF chovanými v zahraničí a v ČR. Při rozdělení plemene německého drátosrstého ohaře, v závislosti na původu, na DD (Deutsch Drahthaar) a GWP (German wirehaired pointer), byla objevena slabá diferenciace obou plemen. Fylogenetické analýzy naznačují, že plemeno ČF je fylogeneticky starší, než ostatní plemena analyzovaná v této studii, což ovšem může být zkresleno nezahrnutím ostatních plemen ohařů do této studie. Koeficient inbreedingu pro plemeno ČF nenaznačuje výraznější vliv inbreedingu i přesto, že se v chovu uplatňuje liniová plemenitba. Průměrná hodnota heterozygozity se pohybovala v rozmezí 0,66 (NKO) - 0,69 (DD). Hodnoty FST pro všechna plemena byly v rozmezí pro střední diferenciaci. Analýza molekulární variance naznačila, že 8 % z celkové variance se vyskytuje mezi populacemi.

Abstract:

The goal of this study was to compare genetic parameters among the breeds of Cesky Fousek (CF) and another three breeds of pointing dogs (Deutsch Drahthaar (DD, GWP), Wirehaired pointing griffon (WPG) and Deutsch Kurzhaar (DK)) using 19 microsatellite markers. It was assumed that the CF breed show lowest heterozygosity and that this breed is more geneticaly related to the DD breed. Strong gene-flow was observed between CF and WPG breeds. The aim of this study was to investigate the rate of genetic divergence between breeds, analyse genetic variability and description of basic genetic parameters. Another goal was to find outif different concepts of breeding in abroad are visible in the genetic architecture of the CF breed. In total, 414 buccal swab samples were taken(213 CF, 118 DD, 42 DK and 39 WPG). Bayesian clustering analysis indicate that CF breed is isolated from other breeds. All breeds divided into separated clusters, however a higher rate of genetic variability was detected in WPG breed. This could be caused by different sets of samples in this breed - part of them was taken from AKC registered dogs, the other part was taken from WPGCA registered dogs. WPGCA uses CF individuals in their breeding system for almost 30 years, that is probably the reason, why are these dogs so geneticaly different from AKC registered WPG. In some cases a strong gene-flow was detected from the CF breed to WPG. There were found no differences between the CF individuals bred in Czech Republic and abroad. A weak differenciation was detected between individuals of DD and GWP breeds. Phylogenetic analysis indicated, that the CF breed is older than other breeds analysed in this study. Although this could be misrepresented due to absence of another pointing dog breeds in the study. Althoug line breeding is still used in the CF breed, inbreeding coefficient did not indicatedany expressive influence of inbreeding. Average value of heterozygosity ranged from 0,66 (DK) to 0,69 (DD). Pairwise FST values for all breeds matched with the values for medium differenciation. Molecular variance analysis revealed that 8 % of the total variance occured among populations.

Keywords

genetická variabilita, liniový chov, mikrosatelity, německý drátosrstý ohař, český fousek

Keywords

Cesky Fousek, Deutsch Drahthaar, genetic variability, line breeding, microsatellites

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 9. 4. 2015

Thesis defence

• Supervisor: doc. Ing. Luboš Vostrý, Ph.D.

Czech University of Life Sciences Prague

Faculty of Agrobiology, Food and Natural Resources

Master programme / field:
Genetic Technologies and Breeding / Biotechnology of Reproduction