Využití imunoprecipitačních technik pro studium non-B-DNA protein interakcí

Gabriela SLATINSKÁ

Bachelor's thesis

Usage of immunoprecipitation techniques for non-B-DNA protein interaction studies

Abstract:

Nekanonické struktury DNA, mezi které patří například triplexy, kvadruplexy, nebo křížové struktury, hrají roli v biologických procesech replikace, transkripce, translace a epigenetické regulace. Jejich výskyt však může vést ke genomové nestabilitě a přispět ke vzniku a vývoji některých neurodegenerativních onemocněních nebo rakoviny. Protože je pro pochopení regulačních drah důležitá interakce DNA s proteiny, tato práce se zaměřuje na metodu chromatinové imunoprecipitace, která je založena na zachycení komplexu protein-DNA protilátkou a která přispěla k identifikaci mnoha proteinů vázajících se na tyto nekanonické konformace. V budoucnu se non-B-DNA struktury jeví nejen jako terapeutické cíle k léčbě rakoviny, ale mohou být využity také například jako aptamery nebo složky biosenzorů.

Abstract:

Non-canonical DNA structures, such as triplexes, quadruplexes, or cruciforms, play a role in the biological processes of replication, transcription, translation, and epigenetic regulation. However, their occurrence can lead to genomic instability and contribute to the development of some neurodegenerative diseases or cancer. Because the interaction of DNA with proteins is important for understanding regulatory pathways, this work focuses on the chromatin immunoprecipitation method, which is based on the interception of a protein-DNA complex by an antibody and has contributed to the identification of many proteins binding to these non-canonical conformations. In the future, non-B-DNA structures appear not only as therapeutic targets for the treatment of cancer, but can also be used, for example, as aptamers or components of biosensors.

Keywords

lokální struktury DNA, triplexy, kvadruplexy, křížové struktury, rakovina, protilátky, magnetické kuličky

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 10. 5. 2021

Accessible from:: 31. 12. 2999

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Jiří Červeň

University of Ostrava

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Experimental Biology