Využití sekvenování nové generace ve studiu krátkých RNA u nádorových onemocnění

Mgr. Zdeňka Kosařová

Bakalářská práce

Usage of next-generation sequencing technology in studies of short RNAs in cancer

Anotace:

Předmětem této práce je shrnout principy sekvenačních metod nové generace (Roche, Illumina, SOLiD, Ion Torrent). Dále se práce věnuje problematice klasifikace krátkých nekódujících RNA, jejich biologické funkci a významu u nádorových onemocnění. Především se pak zaměřuje na mikroRNA, což jsou krátké molekuly RNA, které hrají velmi důležitou roli v řadě buněčných procesů včetně maligní transformace a jsou schopny regulovat až 60 % kódujících genů. Bylo opakovaně prokázáno, že právě molekuly mikroRNA jsou často deregulovány v nádorových buňkách. Zvýšení či snížení hladin vybraných miRNA má vliv na expresi onkogenů a nádorově supresorových genů. Třetí část představuje souhrn dosavadních poznatků o krátkých RNA v oblasti nádorové biologie získaných pomocí sekvenování nové generace. Závěrečná část popisuje návrh modelového experimentu pro stanovení expresních profilů miRNA v klinických vzorcích.

Abstract:

The aim of the thesis is to summarize the principals of next generation sequencing technologies (Roche, Illumina, SOLiD, Ion Torrent). Further, classification of the short non-coding RNAs, their biological functions and roles in cancer biology is discussed. Particularly microRNA are focused in detail, witch play important roles in numerous cellular processes including carcinogenesis. It is estimated that about 60 % of protein-coding genes is regulated by microRNAs. Many microRNA species are frequently deregulated in various cancers. Their altered levels may influence expression of oncogenes and tumour suppressor genes. Third part summarizes knowledge about short RNAs in oncology obtained by use of next-generation sequencing. In the final section, a model experiment of miRNA expression profiling in clinical samples using Illumina technology is described.

Klíčová slova

sekvenování nové generace, Roche, Illumina, SOLiD, Ion Torrent, krátké nekódující RNA, miRNA, izomir, expresní profilování, nádorová onemocnění, Next Generation Sequencing, short noncoding RNA, isomirs, expression profiling, cancer

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 13. 6. 2013
• Vedoucí: doc. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Molekulární biologie a genetika