Studium interakcí substituováných cyklických nitronů s fragmenty DNA metodami molekulového modelování

Mgr. Barbora Benešová

Bakalářská práce

Interactions of substituted cyclic nitrones with DNA fragments by molecular modeling methods

Anotace:

Tato bakalářská práce se zaměřuje na studium vybraných organických molekul interkalujících do dvoušroubovice DNA. Pro studium byly vybrány dva deriváty cyklických nitronů jako molekuly interkalující mezi GC a AT páry bází DNA molekuly. Interkalace planárních molekul do fragmentů nukleových kyselin je popsána v první části práce. Tato část se zaměřuje na DNA a strukturu interkalátorů a také na farmakologické využití interkalátorů. V této části práce jsou také stručně popsány metody molekulového modelování. Hlavní část práce se zaměřuje na studium vybraných komplexů DNA s možnými interkalátory použitím metod molekulového modelování. Vazebné energie založené na molekulové mechanice byly vypočteny a kombinovány s výsledky ze studií molekulové dynamiky. Díky kombinaci těchto metod je možné popsat nevazebné interakce precizněji než pomocí jednoduchého dokování.

Abstract:

This bachelor thesis is focused on study of selected organic molecules intercalation into double stranded fragments of DNA. Two derivates of cyclic nitrones were chosen as molecules intercalated into the GC and AT base pairs of DNA molecule. The intercalation of planar molecules into the nucleic acids fragments is described in the first part of the thesis. This part is focused on DNA and intercalator structures and also on pharmacological application of intercalators. The molecular modeling methods are shortly described in this part of thesis. The main part of the thesis is focused on molecular modeling study of selected complexes DNA with possible intercalator using molecular modeling methods. The interaction energies based on molecular mechanics were calculated and combined with results of molecular dynamics studies. The combination of these methods is able to describe non bonded interactions more precisely than single docking study.

Klíčová slova

cyklické nitrony, interkalace, DNA, molekulové modelování, MM/PBSA a MM/GBSA analýzy

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 17. 5. 2010

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 14. 6. 2010
• Vedoucí: Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie