Návrh a implementace analýzy sekvenačních dat pro detekci proteinových interakcí

Bc. Adam Krejčí, Ph.D.

Master's thesis

Analysis of sequencing data for prediction of protein interactions

Anotácia:

Cílem práce bylo navrhnout vhodný postup pro analýzu velkého množství dat popisujících biologické sekvence získané metodou Phage display, který bude schopen v datech identifikovat jednotlivé protein-proteinové interakce, dále vytvořit základní implementaci zvoleného postupu a prověřit jeho schopnosti zpracovat data reálného rozsahu. Byl navržen postup kombinující hierarchické shlukování v upravené formě s klasifikací sekvencí na základě skrytých Markovových modelů. Nástroj provádějící zmíněný postup byl implementován na platformě Java SE a testován na datech z reálných experimentů.

Abstract:

The aim of this thesis was to develop suitable method of analysing large amounts of data describing biological sequences acquired by the Phage display method. The process should identify particular protein-protein interactions. Next point was to create basic implementation of this method and test its ability to process real-sized data. Presented method is a combination of adjusted hierarchical clustering and sequence classification based on hidden Markov models. A tool performing above mentioned method was implemented on Java SE platform and tested on genuine experiment data.

Kľúčové slová

Protein, Phage display, bakteriofág, Sekvenování DNA nové generace, Shluková analýza, skrytý Markovův model

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 22. 5. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 26. 6. 2013
• Vedúci: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / odbor:
Applied Informatics / Bioinformatics