Sestřihová analýza mutací v genech souvisejících se vznikem primárních imunodeficiencí

Bc. Edita Ošťádalová

Master's thesis

Splicing analysis of mutations in primary immunodeficiencies related genes

Abstract:

Mutace ovlivňující sestřih pre-mRNA představují odhadem 15% - 50% genových aberací, které způsobují mendelisticky dědičná onemocnění. Ve své práci jsem zkoumala, zda vybrané mutace zodpovědné za vznik primárních imunodeficiencí, způsobují aberantní sestřih pre-mRNA. In silico analýzou těchto mutací bylo vybráno pět kandidátních mutací, které s vysokou pravděpodobností narušují proces sestřihu pre-mRNA. U těchto vybraných sekvencí jsem pak provedla sestřihovou minigenovou analýzu. Získané výsledky ukázaly ve dvou z pěti vzorků vznik aberantního produktu a potvrdily tak predikce počítačových programů, které hodnotí sílu místa sestřihu. Oproti tomu mutace, které se nacházely v predikovaných zesilovačích sestřihu, aberace sestřihu nezpůsobovaly a predikce tedy nepotvrdily.

Abstract:

Gene mutations affecting pre-mRNA splicing are estimated to form between 15 and 50 % of genetic aberrations that lead to Mendelian disorders. In my work I searched whether selected mutations that induce development of primary immunodeficiencies led to aberrant splicing envents. The mutations for in vitro analyses were selected based on in silico predicted probability of splicing aberration induction. The mutations were subjected to splicing minigene assay. Its results showed that two of these mutations, located in conserved or de novo splice sites, disturbed the process of splicing. Therefore, the in silico predictions were confirmed as correct for programs assessing the splice sites strength. On the other hand, three mutations disrupting predicted splicing enhancers did not induce splicing aberration in my experiments. Therefore, results of in silico predictions for exon splicing regulators was not confirmed.

Keywords

pre-mRNA, sestřih pre-mRNA, sestřihová minigenová analýza, místo sestřihu, regulační elementy sestřihu, in silico analýza, C1 inhibitor, BTK, aberantní sestřih pre-mRNA. pre-mRNA splicing, splicing minigene assay, splice site, splicing regulatory elements, in silico prediction, aberrant pre-mRNA splicing.

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 16. 5. 2011

Thesis defence

• Date of defence: 7. 6. 2011
• Supervisor: doc. MUDr. Tomáš Freiberger, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Molecular Biology and Genetics