Zapojení pokročilých semiautomatických segmentačních metod do MITK

Bc. Jan Breburda

Master's thesis

Integration of Advanced Semi-Automatic Segmentation Methods into MITK

Anotácia:

V rámci této práce byla popsána obrazová transformace Image Foresting Transform a její možné aplikace, s cílem využít tyto poznatky k implementaci semiautomatických anotačních nástrojů, které realizují značkami řízený záplavový algoritmus a algoritmus živého vlákna. Nástroje byly implementovány jako módy zásuvného modulu, který byl zapojen do aplikace MITK Workbench a následně bylo provedeno kvantitativní srovnání těchto implementovaných nástrojů s alternativami, které aplikace již poskytuje. Srovnání proběhlo nad obrazovými daty z Cell Tracking Challenge, pro kterou byl zásuvný modul implementován, aby usnadnil proces vytváření referenčních anotací pro datové sady, které jsou v rámci soutěže používány.

Abstract:

This thesis describes Image Foresting Transform and its possible applications, with the aim of using this knowledge to implement semi-automatic annotation tools of marker controlled watershed and live wire. The annotation tools were implemented as modes of a plugin, which was integrated into the MITK Workbench application. Subsequently, a quantitative comparison was conducted between these implemented tools and the existing alternatives provided by the application. The comparison was performed using image data from the Cell Tracking Challenge, for which the plugin was implemented to facilitate the process of creating reference annotations for the datasets utilized within the competition.

Kľúčové slová

Image Foresting Transform, Cell Tracking Challenge, Medical Imaging Interaction Toolkit, značkami řízený záplavový algoritmus, algoritmus živého vlákna, semiautomatická segmentace

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 12. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 6. 2. 2024
• Vedúci: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D.
• Oponent: doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / odbor:
Visual informatics / Computer Games Development