Charakterizace rostlinného proteomu

Silvie Petrová

Bachelor's thesis

Characterization of plant proteome

Anotácia:

Analýza listového proteomu přináší mnoho výzev a komplikací, včetně přítomnosti abundantních proteinů jako je RuBisCO. Teoretická část této práce představuje metody a frakcionační techniky využívané v proteomice. Experimentální část pak porovnává složení listového proteomu pěti rostlin, zahrnující tři představitele bylin (Arabidopsis thaliana, Solanum lycopersicum, Hordeum vulgare) a dva zástupce dřevin (Malus domestica a hybrid Populus). Dále je demonstrováno využití frakcionace (SCX a C18 za vysokého pH) a ukázán význam různých kombinací algoritmů pro identifikaci proteinů pomocí proteomické analýzy.

Abstract:

Plant leaf tissue proteomics analyses face multiple challenges, including the presence of highly abundant proteins like RuBisCO. This thesis reviews methods in protein analysis and outlines proteome fraction techniques. The experimental part compares the leaf proteome composition of five plants, including three representatives of herbaceous (Arabidopsis thaliana, Solanum lycopersicum, Hordeum vulgare), and two woody plants (Malus domestica and Populus hybrid). Further, peptide fractionations by a high-pH C18 and SCX chromatography, and the role of data processing in proteomics analyses are illustrated.

Kľúčové slová

proteomika, proteom, frakcionace, hmotnostní spektrometrie, kapalinová chromatografie

Keywords

proteomics, proteom, fractionation, mass spectrometry, liquid chromatography

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 25. 4. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: Mgr. Martin Černý, Ph.D.
• Oponent: Veronika Hýsková, externi

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Bachelor programme / odbor:
Agrobiology / Molecular biology and biotechnology