Vliv rostlinných hormonů na alternativní sestřih

Alena DUDKOVÁ

Bachelor's thesis

Effects of phytohormones on alternative splicing

Anotácia:

Poruchy sestřihu pre-mRNA jsou příčinou řady dědičných onemocnění. Jedním z nich je familiární dysautonomie (FD), senzorická neuropatie způsobená mutacemi genu IKBKAP. V důsledku mutace IVS20+6T>C dochází k tvorbě transkriptů bez exonu 20, které nejsou překládány ve funkční protein. Kinetin, fytohormon ze skupiny cytokininů, je schopen obnovit schopnost sestřihového aparátu rozpoznat exon 20 v přítomnosti mutace. Testovala jsem, zda tuto aktivitu nemají další přírodní cytokininy a syntetické deriváty kinetinu. Pomocí PCR po reverzní transkripci jsem sledovala vliv látek na koncentraci normální a patologické formy mRNA ve fibroblastech získaných z pacientů s FD. Mezi testovanými sloučeninami jsem identifikovala několik aktivních. Zjistila jsem také, že nízkomolekulární inhibitory některých proteinkinas regulujících sestřih pre-mRNA na aberantní sestřih IKBKAP nemají vliv. Součástí práce je i rešerše literatury o nízkomolekulárních modulátorech aberantního sestřihu.

Abstract:

Hereditary disorders are often caused by aberrant splicing of pre-mRNA. Familial dysautonomia (FD), a senzoric neuropathy, is caused by mutations affecting splicing of IKBKAP gene. The IVS20+6T>C mutation leads to production of transcripts without the exon 20 which are not translated into functional protein. Kinetin, a phytohormone from cytokinin family, is able to restore the ability of the spliceosome to recognize the exon 20 in the presence of the mutation. In this thesis, I tested other natural cytokinins and synthetic kinetin derivatives to find out whether they also possess this activity. Reverse transcription followed by PCR was used to evaluate the effects of the compounds on concentrations of wild-type and pathological mRNA isoforms in fibroblasts derived from FD pacients. Several active compounds were identified using this approach. However, small-molecule inhibitors of certain protein kinases regulating pre-mRNA splicing didn't have any effect on the IKBKAP aberrant splicing.

Kľúčové slová

sestřih pre-mRNA, alternativní sestřih, familiární dysautonomie, IKBKAP, cytokininy, kinetin

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2015

Zverejniť od: 15. 5. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: Mgr. Barbora Nardelliová

PALACKÝ UNIVERSITY OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biology / Experimental Biology