Příprava histonových extraktů pro charakterizaci posttranslačních modifikací

Bc. Zuzana Staňková

Master's thesis

Preparation of histone extracts for the characterization of post-translational modifications

Anotácia:

Diplomová práce je zaměřena na přípravu histonových extraktů pro charakterizaci posttranslačních modifikací. Při nejčastěji používané metodě pro izolaci histonů může údajně docházet ke ztrátě modifikací labilních v kyselém prostředí – fosforylacím. Praktická část se proto zabývá dvěma jinými postupy, a to metodě s využitím vysoké koncentrace soli a metodě s použitím soli a močoviny, které by měly být šetrnější k fosforylacím. Histonové extrakty byly hodnoceny z dat získaných z hmotnostně-spektrometrické analýzy z různých hledisek. Ani jedna z testovaných metod histonové extrakce nedominovala ve všech sledovaných parametrech, naopak byla demonstrována exkluzivita jednotlivých izolačních metod pro stanovení konkrétních histonových proteoforem. Z výsledků lze potvrdit zásadní vliv přípravy vzorku v celkové strategii charakterizace histonových modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie.

Abstract:

Diploma thesis is focused on preparation of histone extracts for the characterization of post-translational modifications. Reportedly, acid labile modifications, in particular phosphorylation, can be lost during the most commonly used method for the histone isolation. Thus, practical part deals with two other methods – high-salt extraction and salt-urea method, which should preserve phosphorylation. Various parameters of histone extracts were evaluated based on the mass-spectrometric data. Any of tested method for histone extraction did not predominate in all monitored parameters; rather the exclusivity of particular isolation method for analysis of certain histone proteoforms was demonstrated. From the results obtained, key impact of sample preparation within overall strategy of characterisation of histone modifications using mass spectrometry was confirmed.

Kľúčové slová

Epigenetika, posttranslační modifikace histonů, analýza histonů, obohacení fosforylací, epigenetics, post-translational modifications, histone analyses, phosphoenrichment

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 3. 6. 2016
• Vedúci: Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biochemistry / Analytical Biochemistry