Optimalizace metody detekce změn v počtu kopií genů z dat DNA mikročipů – Mgr. Tomáš Reigl
Mgr. Tomáš Reigl
Bachelor's thesis
Optimalizace metody detekce změn v počtu kopií genů z dat DNA mikročipů
Optimalization of methods for detection of copy number changes from DNA microarray data.
Abstract:
Ve své bakalářské práci se věnuji výpočetnímu algoritmu MSMAD (Budinská et al., 2009) určenému k analýze dat z array CGH mikročipů. Tato metoda implementovaná jako funkce v matematickém software R slouží k vyhledávání genových aberací (amplifikací a delecí) v genomu. Narozdíl od mnoha ostatních metod využívá kombinaci vyhlazování a vyhledávání zlomových bodů v datech, a proto je velmi účinná i při …moreAbstract:
In this thesis I study computational algorithm MSMAD (Budinská et al., 2009) used for analysis of data from array CGH. This method is implemented in software for statistical computing R and is used for detection of genome aberrations (amplifications or deletions). In comparison to many other methods, this method uses smoothing with breakpoint detection which makes it very effective even in very noisy …more
Language used: Czech
Date on which the thesis was submitted / produced: 15. 3. 2013
Identifier:
https://is.muni.cz/th/tgwuv/
Thesis defence
- Date of defence: 13. 6. 2013
- Supervisor: Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
Citation record
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasaryk University
Faculty of ScienceBachelor programme / field:
Experimental Biology / Mathematical Biology
Theses on a related topic
-
AIMMS - Implementation of selected optimization problems
Marie Kraváková -
Analýza, implementace a optimalizace nového výrobního úseku ve společnosti Benteler ČR s.r.o.
Michaela Vejpravová -
Zavedení a optimalizace metody ELISA
Tereza KOPAČKOVÁ -
Analýza, optimalizace a implementace technologických procesů v burzovním systému ARTEX500
Jakub Šoltés -
Optimalizace post-implementační části životního cyklu vývoje SW v IT společnosti
Lukáš Valkovič -
Návrh optimalizace a implementace systému řízení podniku
Jan Olšan -
Návrh optimalizace a implementace systému řízení podniku
Lucie Horáková -
Návrh optimalizace a implementace systému řízení podniku
Jaroslav Kalábek