Citlivostní analýza metod identifikace haplotypů

Adam VONÁŠEK

Bachelor's thesis

The sensitivity analysis of haplotype identification methods

Anotácia:

Práce se zabývá citlivostní analýzou metod pro identifikaci haplotypů. V teoretické části jsou obsaženy základní poznatky o transplantaci krvetvorných buněk, reakcích imunitního systému na ni, informace o HLA ("Human leucocyte antigens") znacích, způsobech typizace HLA znaků, a teoretický rozbor metod identifikace haplotypů, tj. Clarkova, EM ("Expectation-Maximization") a Bayesova algoritmu. Praktická část je věnována implementaci dvou zvolených algoritmů v prostředí programovacího jazyka Java, jejich výsledkům a zhodnocení, co se týče předností a nedostatků, které jsme stanovili na základě implementace. Na konci práce se nachází výkladový slovník pojmů.

Abstract:

The work deals with a haplotype identification methods sensitivity analysis. A theoretical section should provide basic facts about haematopoietic stem cells transplantation, following reactions of immune system, HLA ("Human leucocyte antigens") types, methods for typing and a theoretical analysis of the haplotype identification methods, i.e. Clark, Expectation-Maximization and Bayes algorithm. A practical section focuses on two elected methods implementation using the computer programming language Java, results and an evaluation on advantages and disadvantages derived by the implementation. There is a monolingual dictionary at the end of the work.

Kľúčové slová

transplantace kostní dřeně, krvetvorné buňky, HLA, HLA typizace, alela, haplotyp, genotyp, Clarkův algoritmus, EM algoritmus.

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 5. 2014

Zverejniť od: 31. 12. 2999

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: Ing. Lucie Houdová, Ph.D.

University of West Bohemia

Faculty of Applied Sciences

Bachelor programme / odbor:
Applied Sciences and Computer Engineering / Cybernetics and Control Engineering