Strukturní a funkční charakterizace lidského proteinu ZCCHC9

Mgr. Martin Jacko

Bachelor's thesis

Structural and functional characterization of human ZCCHC9 protein

Abstract:

V eukaryotických buňkách existují komplexy proteinů, které podporují degradaci vybraných RNA a ovlivňují tak její stav v buňce. Naše laboratoř se zabývá podrobnou funkční analýzou kvasinkového komplexu TRAMP (Trf4p/Trf5p-Air1p/Air2p-Mtr4p), který iniciuje degradaci nepotřebných a aberantních RNA v jádře a je tak součástí posttranskripčního kontrolního mechanismus. Mým úkolem je účast na strukturní a funkční charakterizaci lidského proteinu ZCCHC9, který je jedním z kandidátních orthologů Air1p/Air2p. Ty jsou považovány za kofaktory pro vazbu RNA a vyznačují se strukturními motivy, jež nalézáme i u ZCCHC9. V současné literatuře se objevují zmínky o zvýšené či snížené expresi ZCCHC9 především ve spojení s různými typy nádorů. Jako základ funkčních studií byla vypracována tato práce, která je přehledem znalostí o kandidátních ortholozích Air1p/Air2p a obsahuje bioinformatickou analýzu, která vedla k jejich identifikaci.

Abstract:

Eukaryotic cells contain several protein complexes initiating specific RNA degradation and such control RNA amounts in the cells. Our laboratory is primarily focused on the detailed functional analysis of the yeast TRAMP complex (Trf4p/Trf5p-Air1p/Air2p-Mtr4p), which is involved in the degradation of the useless and aberant RNA in the nucleus and therefore takes part in posttranscriptional surveillance mechanism. My task is colaboration on structural characterization and functional characterization of a human protein ZCCHC9, which is one of the candidate orthologs of Air1p/Air2p. These proteins are considered to be RNA-binding cofactors and contain structural motifs identical to these in ZCCHC9. There is evidence of both upregulated and downregulated ZCCHC9 expression in different tumor types. The main purposes of this work are to establish a basis for functional studies and to summarize recent literature. The bioinformatical analysis that led to candidate orthologs identification is also included.

Keywords

ZCCHC9, ZCCHC7, ZCCHC3, zinc knuckle, TRAMP komplex, degradace RNA, poly(A) polymeráza, Air1p, Air2p

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 12. 5. 2010

Thesis defence

• Date of defence: 21. 6. 2010
• Supervisor: doc. Mgr. Štěpánka Vaňáčová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular Biology and Genetics