DNA markery pro diagnostiku bakteriálních infekcí

Bc. Veronika Vilímová

Master's thesis

DNA markers for bacterial infection diagnosis

Anotácia:

Diplomová práce DNA markery pro diagnostiku bakteriálních infekcí se zabývá problematikou patogenních bakterií urogenitálního traktu způsobujících záněty močových cest a problematikou metod diagnostiky těchto bakterií, se zaměřením na použití DNA sond. Cílem práce bylo nalezení, navržení a testování vhodných DNA sond pro diagnostiku vybraných bakteriálních patogenů za použití metod kvantitativní real-time PCR. Byly navrženy sondy pro real-time PCR na základě specifických bakteriálních sekvencí v části genu 16S rRNA. Dále proběhlo testování a optimalizace real-time PCR s navrženými sondami. Povedlo se optimalizovat reakčíní podmínky pro dvě sondy z dvanácti, jednu pro S. aureus a druhou pro P. aeruginosa. Dosažené výsledky jsou základem pro pokračování experimentální práce a pro zdokonalení a zajištění opakovatelnosti experimentů bude třeba dále pokračovat v optimalizaci reakčních podmínek.

Abstract:

Master’s thesis DNA markers for bacterial infection diagnosis engages in matters of pathogenic bacteria that cause urinary tract infections and in matters of diagnostic methods for this bacteria with focus on the usage of DNA probes. The aim of this thesis was to find, design and test suitable DNA probes by using quantitative Real-Time PCR. Probes were designed based on specific bacterial sequences of 16S rRNA gene fragment. Afterwards, testing and optimisation of Real-Time PCR was conducted. Successful optimisation was managed for two probes out of twelve – one for S. aureus, second for P. aeruginosa. These results represent the basis for the follow-up experimental work to ensure improvement and reproducibility of the experiments.

Kľúčové slová

DNA sondy, microarray, real-time PCR, uropatogenní bakterie, diagnostika, zánět močových cest

Keywords

DNA probes, Uropathogenic bacteria, Diagnostics, Urinary tract infection, Microarray, Real-Time PCR

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 4. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: doc. Ing. Martina Lichovníková, Ph.D.

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Master programme / odbor:
Animal Breeding / Animal Biotechnology