Analýza ChIp-čipů - současné metody a jejich porovnání na modelovém příkladu u nádorů.

Mgr. Andrea Janotová

Bakalářská práce

ChIp-chip analysis - state-of-the art methods and their comparison on a model example in cancer.

Anotace:

ChIP-čipy se staly v posledních letech velmi populární technikou molekulární biologie. Jedná se o metodu, která spojuje chromatinovou imunoprecipitaci s následnou analýzou DNA mikročipů. Spojení těchto dvou metod slouží k izolování a identifikaci míst na genomu, která jsou obsazená specifickými proteiny. Data získaná z ChIP-čip experimentů je možné získat napříč celým genomem, jako signál, jehož vrcholy jsou označeny jako vazebná místa. Analýza ChIP-čip dat se skládá z více kroků, kdy po normalizaci dat následuje identifikace vazebných míst a pokračuje se s hledáním motivů sekvencí těchto vazebných míst. Cílem práce bylo vytvoření co nejširšího přehledu metod používaných v analýze ChIP-čip dat a jejich softwarových implementací sloužících k odhalení míst navázání proteinů na DNA.

Abstract:

ChIP-chips become a very popular technique of molecular biology in recent years. It is a method that combines chromatin immunoprecipitation followed by DNA microarray analysis. The combination of these two methods is used to isolate and identify the locations of the genome that are occupied by specific proteins. The data obtained from the ChIP-chip experiments can represent the whole genome, in form of a signal, where signal peaks are identified as binding sites. Analysis of ChIP-chip data consists of several steps: the normalization of the data followed by the identification of binding sites and subsequent search for sequence motifs of these binding sites. The aim of this bachelor thesis was to create a wide overview of the methods used in the analysis of ChIP-chip data and their software implementation.

Klíčová slova

chromatinová imunoprecipitace, mikročipy, ChIP-čipy, vazebné místo, metody pro identifikaci vazebných míst, chromatin immunoprecipitation, microarrays, ChIP-chips, binding site, methods for identification of binding sites

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 24. 5. 2010

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 15. 6. 2010
• Vedoucí: Mgr. Eva Budinská, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Matematická biologie