RNDr. Lukáš Pravda

Bachelor's thesis

Prostorové porovnávání biologicky významných motivů proteinů

3D structure comparison of biologically important motifs in proteins
Abstract:
Cílem bakalářské práce bylo nejprve zhodnotit, které programy jsou vhodné pro superpozici malých proteinových motivů. Mým úkolem bylo zanalyzovat software VMD, Chiméra, PyMOL a SiteBinder. Pro automatizaci těchto analýz jsem vytvořil dva softwarové nástroje, které mi umožnily efektivně zpracovat velké množství dat. Analyzovaný software jsem otestoval pro rozsáhlé sady vstupních molekul a rovněž ověřil …more
Abstract:
The aim of the bachelor’s thesis is at first to decide which programs are suitable for superposition of small protein motifs. My task was to analyze the VMD, the USCF Chimera, the PyMOL and the SiteBinder softwares. For automation of these analysis I created two software tools which enabled me to process a huge amount of data effectively. I tested the analyzed software on broad varieties of molecules …more
 

Keywords

proteiny metaloproteiny RMSD apoptóza SiteBinder VMD USCF Chiméra PyMOL proteinový motiv kvaterniony.
 
Language used: Czech
Date on which the thesis was submitted / produced: 24. 5. 2010
Identifier: https://is.muni.cz/th/zxv1w/

Thesis defence

  • Date of defence: 24. 6. 2010
  • Supervisor: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.
  • Reader: Ing. Matej Lexa, Ph.D.

Citation record

Cite this text

Full text of thesis

Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:
  • světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Fakulta informatiky
Složka Reference to the local database directory of the institution

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / field:
Applied Informatics / Bioinformatics

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.