Metagenomická analýza společenstev hub kolonizujících kmeny okrasných dřevin

Bc. Martin Kytka

Diplomová práce

Metagenomic analysis of fungal communities colonizing ornamental tree trunks

Anotace:

Tato diplomová práce se zaměřuje na charakterizaci mykobiomu dřeva kmenů lip (Tilia) v urbanizovaném prostředí pomocí masivně paralelního amplikonového sekvenování (NGS). V pěti lokalitách Zlínského kraje byly odebrány vzorky ze stromů se zhoršeným zdravotním stavem a analyzovány pro hlubší porozumění spektru hub spojených s chřadnutím a rizikem mechanického selhání. Analýza prokázala vysokou druhovou bohatost a konzistentní dominanci kmene Ascomycota napříč lokalitami. Nejpočetnějším rodem byl saprotrofní Ascocoryne, dále byly četné kvasinky rodu Ogataea. Hypotéza, že vizuálně patrný patogen (např. Ganoderma, Schizophyllum) tvoří dominantní složku mykobiomu chřadnoucího stromu, se nepotvrdila. Naopak se potvrdila pozitivní asociace množství mrtvého dřeva s relativní abundancí saprotrofních hub a pokles podílu patotrofů s klesající vitalitou stromu. Statistické testy potvrdily významné rozdíly v diverzitě uvnitř i mezi lokalitami. Zjištěna byla také přítomnost méně obvyklých či hostitelsky netypických rodů (např. Lecanosticta a jiné), jejichž zastoupení se lokálně lišilo. Studie ukazuje, že NGS poskytuje rychlou a citlivou diagnostiku dřevních mykobiomů, která překonává omezení vizuálních a tradičních metod, a přináší praktické podklady pro cílená rostlinolékařská a arboristická opatření. Přes uvedené limity odběru a velikosti souboru práce rozšiřuje poznání o dynamice hub v kmenech lip a vymezuje směry pro kvalitnější budoucí šetření a výzkum.

Abstract:

This thesis focuses on characterizing the wood mycobiome of linden (Tilia) trunks in an urban environment using next-generation sequencing (NGS). Samples were collected from trees in poor health at five sites in the Zlín Region and analyzed to gain a deeper understanding of the spectrum of fungi associated with tree decline and the risk of structural failure. The analysis revealed high species richness and consistent dominance of the Ascomycota phylum across all sites. The most abundant genus was the saprotrophic Ascocoryne, followed by numerous yeasts of the genus Ogataea. The hypothesis that a visually apparent pathogen (e.g., Ganoderma, Schizophyllum) constitutes the dominant component of the mycobiome of a dying tree was not confirmed. Conversely, a positive association was confirmed between the amount of dead wood and the relative abundance of saprotrophic fungi, as well as a decrease in the proportion of pathotrophs with declining tree vitality. Statistical tests confirmed significant differences in diversity both within and between sites. The presence of less common or host-unspecific genera (e.g., Lecanosticta and others) was also detected, with their representation varying locally. The study demonstrates that NGS provides rapid and sensitive diagnostics of wood mycobiomes, overcoming the limitations of visual and traditional methods, and offers practical insights for targeted phytosanitary and arboricultural measures. Despite the aforementioned limitations regarding sampling and sample size, this study expands our understanding of fungal dynamics in linden tree trunks and outlines directions for higher-quality future investigations and research.

Klíčová slova

fytopatologie, dřevo, dřevní houby, sekvenování, masivně paralelní sekvenování, houby, lípa, kmen stromu

Keywords

massively parallel sequencing, plant pathology, fungi, linden tree, tree trunk, wood, wood-decaying fungi, Sequencing

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 27. 4. 2026

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 10. 6. 2026
• Vedoucí: doc. Ing. Aleš Eichmeier, Ph.D.
• Oponent: Tomáš Kiss, Ph.D.

Mendelova univerzita v Brně

Zahradnická fakulta

Magisterský studijní program / specializace:
Zahradnické inženýrství / Zahradnictví