Fenotypová a genotypová charakterizace izolátů Plesiomonas shigelloides pocházejících z různých geografických oblastí

Bc. Vendula Koublová

Diplomová práce

Phenotypic and genotypic characterization of Plesiomonas shigelloides strains originating from different geographical areas.

Anotace:

Druh Plesiomonas shigelloides, v dnešní době řazený do řádu Enterobacteriales společně s čeledí Enterobacteriaceae, je klinicky významným taxonem, který se vyznačuje řadou zvláštností. Mezi ně patří i velmi komplikovaná struktura populace z hlediska fenotypových i genotypových vlastností. Předkládaná práce se zabývá charakterizací 78 klinických izolátů druhu P. shigelloides pocházejících z rozmanitých geografických oblastí. Mezi země původu patří Česká republika, Švédsko, Kanada, USA, Kuba a další. Popisované kmeny byly izolovány v širokém časovém rozmezí: od roku 1981 do roku 1997. U všech studovaných kmenů byla otestována řada biochemických vlastností, které jsou klíčové pro druhovou identifikaci, nebo jsou naopak v rámci populace variabilní. Další sledovanou vlastností byla citlivost k 17 antibiotikům, která byla testována diskovou difuzní metodou. Druhově specifickou PCR, spočívající v detekci hugA genu, byla potvrzena náležitost všech studovaných kmenů k taxonu P. shigelloides. Následně byly všechny kmeny podrobeny rep-PCR za použití REP primerů, které poskytly kmenově specifické profily. Tyto profily umožnily srovnání jednotlivých kmenů na základě genotypu. Všechna získaná data byla vyhodnocena s důrazem na geografický původ izolátů. Žádný typ nashromážděných dat však nevykazoval zjevnou korelaci s geografickým původem izolátu, ani s obdobím, kdy byl izolát získán. Přesto se jedná o hodnotné informace s potenciálem, ať už z hlediska terapie nebo dalšího výzkumu.

Abstract:

Bacterial species Plesiomonas shigelloides, currently placed in Enterobacteriales order alongside Enterobacteriaceae family, is a taxon of great clinical importance with a number of peculiarities. These include a highly complicated structure of the population in terms of phenotypic and genotypic properties. The main focus of this thesis is the characterization of 78 clinical P. shigelloides strains obtained in various geographic regions. Countries of origin include the Czech Republic, Sweden, Canada, USA, Cuba, and others. The strains studied were collected over a large period: from 1981 to 1997. Several biochemical characteristics, that are either key to the successful identification of the species, or vary within the population, have been tested for all the strains studied. Susceptibility to 17 antibiotics has been tested using disc diffusion method. Species-specific PCR method using hugA gene as a target has been used to confirm all the strains studied belong to P. shigelloides species. Subsequently, all the strains were subjected to rep-PCR using the REP primers. We’ve obtained strain specific profiles that allowed us to compare the strains in terms of genotype. All the data obtained have been interpreted with emphasis on the geographical origin of the isolates. However, neither type of data showed an apparent correlation with the geographical origin. Nonetheless, the data obtained have a certain potential for advances in both medical and taxonomic research.

Klíčová slova

Plesiomonas shigelloides, typizace, klinické izoláty, biochemické charakteristiky, antibiotika, gen hugA, rep-PCR, REP primer, epidemiologie, typing, clinical isolates, biochemical characteristics, antibiotics, hugA gene, epidemiology

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 10. 5. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 10. 6. 2019
• Vedoucí: doc. RNDr. Ivo Sedláček, CSc.
• Oponent: Ing. Sylva Koudelková, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Speciální biologie