Optimalizace mikrosatelitových markerů za účelem stanovení genetické variability u šťovíku alpského (Rumex alpinus L.)

Jana Kačenová

Bakalářská práce

Optimization of microsatellite markers for assessment of genetic diversity in alpine dock (Rumex alpinus L.)

Anotace:

Šťovík alpský (Rumex alpinus) je vytrvalá, nitrofilní rostlina, která je z čeledě rdesnovité (Polygonaceae). Na území Čech byl pravděpodobně zavlečen a je nejspíše nepůvodní, ale dá se považovat za již zdomácnělou rostlinou horských a podhorských luk. V této bakalářské práci byla provedena optimalizace mikrosatelitových markerů na vzorcích z pěti různých šťovíkových populací pomocí osmi ověřených mikrosatelitových sekvencí DNA. Porovnávány byly populace získané z Krkonoš a Švýcarských Alp (kanton Graubünden).Výsledky PCR analýz byly porovnány s dosavadní literaturou. Získané PCR produkty odpovídaly výsledkům předcházející studie, co se týče rozsahu jejich velikosti. Pozorovaná variabilita v délce těchto fragmentů na agarózovém gelu mezi testovanými populacemi může indikovat potenciální genetickou variabilitu způsobenou velkou vzdáleností a geografickou bariérou. Tato variabilita bude studována v následných studiích.

Abstract:

Alpine dock (Rumex alpinus) is a perennial, nitrophilic plant of the family Polygonaceae. It is probably a non-native species in the Bohemia region of the Czech Republic, which was probably introduced by human activity in the past. Nevertheless, it has already domesticated in the area of mountain and sub-mountain meadows. In this study, we have performed optimization of the microsatellite markers on samples from five different populations using eight verified microsatellite DNA sequences. Alpine dock populations from Krkonoše Mountains (Czech Republic) and Alps (Switzerland, canton Graubünden ) were used in the study.The results of the PCR analysis were compared with the up-to-date literature. Obtained PCR products were in size in accordance with the published antecedent study. Observed variation in the size of those fragments, as visible on the agarose gel electrophoresis, between the populations can indicate potential genetic variability caused by the geographical barrier and distance. This potential variability is planned to be studied in the consequent studies.

Klíčová slova

Šťovík alpský, SSR, genetická variabilita

Keywords

SSR, genetic variability, alpine dock

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 25. 4. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Vladimíra Jurasová, Ph.D.

Česká zemědělská univerzita v Praze

Fakulta životního prostředí

Bakalářský studijní program / obor:
Environmentální vědy / Aplikovaná ekologie