Detekce a identifikace virů pomocí sekvenování nové generace (NGS)

Bc. Kateřina PODRÁBSKÁ

Diplomová práce

Anotace:

Sekvenování nové generace je moderní metoda aplikovaná v rostlinné virologii k citlivé detekci již charakterizovaných a nových patogenů bez jejich jakékoliv předešlé znalosti.V této studii byly detekovány tři nové a dva již popsané viry de-novo skládáním single- end čtení z NGS Illumina (Hi-Seq 2500 systém) z celkové poly(A) obohacené RNA nemocného jetele lučního (Trifolium pratense) a indikátorové rostliny tabáku (Nicotiana occidentalis 37B).Kompletní sekvence genomu nového viru Red clover carlavirus A byla určena ze čtení z NGS Illumina,5´,3´RACE, klonováním, RT-PCR a sangerovo sekvenováním.Přítomnost viru Red clover carlavirus A byla také potvrzena v mechanicky inokulovaném tabáku.

Abstract:

Next generation sequencing is a modern method applied in plant virology for sensitive detection of previously characterized and novel pathogens without any preceding knowledge of them. In this study three novel and two already described viruses were detected by de novo assembly of Illumina single-end reads ( Hi-Seq 2500 system) from total poly(A) enriched RNA of diseased red clover (Trifolium pratense) and indicator plant (Nicotiana occidentalis 37B). The complete genomic sequence of novel Red clover carlavirus A (RCCA) was determined from Illumina reads, 5´, 3´ RACE, cloning, RT-PCR and Sanger sequencing. The presence of RCCV was also confirmed in mechanically inoculated tobacco plant.

Klíčová slova

rostlinné viry, sekvenování nové generace (Illumina), bioinformatická analýza, de-novo skládání genomu, jetel luční, Red clover carlavirus A, detekční a diagnostické metody v rostlinné virologii, sekvenování nové generace ve virologii

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 4. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Dr. Ing. Jana Fránová

JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Experimentální biologie