Současné možnosti laboratorní diagnostiky stafylokokových infekcí

Lucie CHRTOVÁ

Bachelor's thesis

Current possibilities of laboratory diagnosis of staphylococcal infections

Anotácia:

Laboratorní diagnostika stafylokokových infekcí je založena na přímém průkazu, tj. na mikroskopii a kultivaci, případně průkazu bakteriální DNA. Cílem této práce je posouzení současné možnosti laboratorní diagnostiky infekcí způsobených koaguláza - negativními stafylokoky a porovnání jednotlivých metod používaných k identifikaci v rutinní laboratorní praxi. Úvodní část práce je věnována popsání rodu Staphylococcus, jeho odlišení od rodů Micrococcus a Peptococcus. Následně pak rozdělení rodu Staphylococcus na základě schopnosti enzymaticky koagulovat plazmu do dvou hlavních skupin (stafylokoků koaguláza - pozitivních a koaguláza - negativních). U těchto dvou hlavních skupin je popsána jejich morfologie, kultivace, antigenní struktura, faktory virulence, patogeneze a laboratorní diagnostika. V metodické části je zmíněná preanalytická a analytická fáze vyšetření. Preanalytická část je zaměřená na obecné zásady odběru a transportu materiálu na mikrobiologické vyšetření a samotný odběr materiálu. Metodická část byla prováděna v Laboratoři lékařské mikrobiologie na Pracovišti bakteriologie v Nemocnici České Budějovice a.s. V této části práce je popsáno rozlišení stafylokoků na základě koagulázového testu latexovou aglutinací (PROLEXTM STAPH LATEX KIT) a následně druhová identifikace 52 kmenů stafylokoků koaguláza - negativních, izolovaných z centrálních žilních katétrů, hemokultur a jiných klinicky závažných materiálů. Druhová identifikace všech 52 kmenů stafylokoků koaguláza - negativních byla provedena biochemickou identifikací testem STAPHYtest 16 a paralelně hmotnostní spektrometrií - technologie MALDI-TOF systémem VITEK MSTM. Těmito metodami byly kmeny identifikovány s úspěšností 96,2 % u metody hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF a s úspěšností 67,3 % u biochemické identifikace STAPHYtest 16. Nejčastěji byl identifikován druh Staphylococcus epidermidis (64 %), následně Staphylococcus hominis ssp. hominis (10 %), Staphylococcus capitis (6 %), Staphylococcus warneri (6 %), Staphylococcus lungdunensis (4 %), Staphylococcus haemolyticus (4 %), Staphylococcus hominis (4 %), Staphylococcus caprae (2 %). V porovnání obou metod je hmotnostní spektrometrie spolehlivější, rychlejší a jednodušší metodou vhodnou do rutinní laboratorní praxe.

Abstract:

Laboratory diagnostics of Staphylococccal infections is based on direct evidence, like microscopy and cultivation, eventually on molecular genetics methods. The objective of this thesis is the presentation of nowadays possibilities in laboratory diagnostics of coagulase - negative staphylococcal infections and comparsion of two methods of identification used in the routine laboratory practice. First part of the thesis presents the genus Staphylococcus and the difference between it and the genuses Micrococcus and Peptococcus. The following part of this thesis shows the distribution of genus Staphylococcus in two main groups (Staphylococcus coagulase - positive and coagulase - negative), based on the ability to coagulate plasma. The description of these two main groups contains their morphological and cultivation features, antigen structure, virulence factors, pathogenesis and laboratory diagnostics. In the methodical part the pre-analytic and analytic phase is mentioned. The focus of the pre-analytic part the general priciples of collection and transport for microbiological analysis and the collection of material itself. The methodical part was performed in the České Budějovice Hospital - Laboratory of Medical Microbiology - Department of Bacteriology. This part of the thesis presents the differentiation of staphylococci by latex agglutination (PROLEX TM STAPH LATEX KIT) and then specific identification of 52 strains of coagulase-negative staphylococci isolated from central venous catheters , hemocultures and other clinical important materials is following. The specific identification of all the 52 strains of coagulase-negative staphylococci was performed by biochemical identification by STAPHYtest 16 (ErbaLachema) and parallel by mass spectrometry MALDI-TOF (system VITEK MSTM). The correct identification reached 96,2 % by the method of mass spectrometry MALDI-TOF and 67,3 % by biochemical identification STAPHYtest 16. The most frequent species isolated was Staphylococcus epidermidis (64 %), then Staphylococcus hominis ssp. hominis (10 %), Staphylococcus capitis (6 %), Staphylococcus warneri (6 %), Staphylococcus lugdunensis (4 %), Staphylococcus haemolyticus (4 %), Staphylococcus hominis (4 %), Staphylococcus caprae (2 %). The comparsion of both named methods shows the mass spectrometry more reliable, faster and simpler method, and more suitable for routine laboratory work.

Kľúčové slová

biochemická identifikace, centrální žilní katétr, hemokultury, MALDI TOF MS, stafylokoky, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 8. 2013

Zverejniť od: 14. 8. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: MUDr. Magda Balejová

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Health and Social Studies

Bachelor programme / odbor:
Specialization in Health Service / Zdravotní laborant