Vyšetření citlivosti k antibiotikům u kmenů Staphylococcus aureus fenotypovými metodami v rutinní mikrobiologické laboratoři a interpretace výsledků

Barbora MARIŇÁKOVÁ

Bachelor's thesis

An examination (analysis) of susceptibilities to antibiotics of the strain Staphylococcus aureus performed by phenotypic methods in conventional microbiological laboratory and interpretation of its results.

Abstract:

Cílem bakalářské práce je pochopení a správná interpretace výsledků citlivostí k antibiotikům u kmenů Staphylococcus aureus ze závažných klinických materiálů, jako jsou hemokultury, punktáty z kloubů a abscesů, stěry z ran, tkáně při infekcích totálních endoprotéz, vzorky moče, materiály z dolních dýchacích cest a další klinické vzorky. Na základě dat, se kterými jsem pracovala, bylo také mým cílem podpořit ev. vyvrátit hypotézu č. 1, že má smysl u každého nálezu kmene Staphylococcus aureus v závažném klinickém materiálu odebrat u pacienta i hemokultury. Potvrdit nebo vyvrátit hypotézu č. 2, že s počtem pozitivních nálezů kmene Staphylococcus aureus ve vzorcích moči bude současně procentuálně nejvíce pozitivních hemokultur ve srovnání s počtem nálezů kmenů Staphylococcus aureus v ostatních klinických materiálech. Cíle, které jsem si stanovila, byly dosaženy pravidelnou praktickou výukou na Oddělení klinické mikrobiologie. Metodiky vyšetření citlivostí jsem si na oddělení osvojila a sama je poté prováděla pod odborným dohledem. Před tím, než jsem si mohla sama vyzkoušet interpretovat výsledky, bylo nutné vypracovat a nastudovat teoretickou část práce, kde je podrobně charakterizován rod Staphylococcus aureus, antibiotická léčba tohoto kmene a výčet nejčastěji testovaných antibiotik v rutinní mikrobiologické laboratoři. V praktické části práce jsem se zabývala stanovením citlivostí k antibiotikům pomocí diskového difúzního testu a stanovením minimální inhibiční koncentrace. Interpretovala jsem výsledky, kde jsem pro příklad zobrazila nejčastěji se vyskytující antibiogramy, ale také antibiogramy, které se vyskytují méně či vzácně. Dále jsem zpracovala výsledky citlivostí Staphylococcus aureus. Vyšetřovaný soubor tvořilo 588 vzorků Staphylococcus aureus pozitivních, z nich 72 vzorků bylo MRSA pozitivní. U tohoto souboru bylo dále zjišťováno zastoupení pozitivních hemokultur nalezených u současně nebo dříve hlášených pozitivních klinických materiálů. Pozitivních hemokultur u klinických materiálů bylo cca 5,2 % ze všech pozitivních klinických materiálů. Nejvíce pozitivních hemokultur se nacházelo u předchozích pozitivních močí, procentuálně cca 17 %. Jako druhá byla nejvyšší pozitivita hemokultur u vzorků z kostí, kloubů cca 14 %. Následovaly umělé materiály cca 13 %, žilní katetry cca 10 %, abscesy cca 6 %, materiály z dýchacích cest cca 4 %, měkké tkáně cca 3 % a rány s cca 2 %. Významným získaným poznatkem a závěrem práce je právě fakt, že při závažných stafylokokových infekcích se odběr hemokultur od pacienta ukazuje jako nutnost a jako povinnost odběru hemokultur pacientovi je nález kmene Staphylococcus aureus ve vzorku moči.

Abstract:

The aim of bachelor´s thesis is the understanding and the correct interpretation of results of susceptibility to antibiotics of the strain Staphylococcus aureus from serious clinical materials as a hemoculture, a peritoneal fluid from joints and abscesses, a smear from wounds, tissues during infectious total artificial joints, samples of an urine, materials from the lower respiratory tract and another clinical samples. According to data which have been used, my aim also have been to prove or eventually disprove the first hypothesis, that makes sense to collect also hemocultures from patient whose result in the serious clinical material contained the strain of Staphylococcus aureus. Prove or disprove the second hypothesis that with the number of positive results of the strain of Staphylococcus aureus in samples of urine will be in the same time the most positive hemocultures in percentage in comparison with results of the strains of Staphylococcus aureus in other clinical materials. Defined targets were reached by regular practical education in the Department of Clinical Microbiology. I had adopted a methodology of examination of susceptibility in the department and then have practiced under the professional supervision. Before the practical part of my thesis, I have had to elaborate and learn theoretical part of it. In that part is deeply described the kind Staphylococcus aureus, antibiotical treatment of this strain and the list of mostly tested antibiotics in the routine microbiological laboratory. In the practical part of the thesis I am focusing on the determination of sensitivity to antibiotics by the disk diffusion method and a defining minimal inhibition concentration. I have interpreted results and for example, I have depicted mostly occurred antibiograms and equally less occurred or rare ones. Then I have processed results of sensitivity of Staphylococcus aureus. The examined set has been containing 588 samples of positive Staphylococcus aureus. 72 samples from the set have been MRSA positive. A representation of positive hemocultures has been examined too in currently or earlier found positive materials. Positive hemocultures in positive materials have been found in ca 5,2 % of all positive clinical materials. The most positive hemocultures were found in previous positive samples of urine ca 17 %. The second highest positivity of hemocultures was in samples from bones and joints ca 14 %. Then artificial materials ca 13 %, venous catheters ca 10 %, abscess ca 6 %, materials from respiratory tract ca 4 %, soft tissues ca 3 % and wounds ca 2 %. The significant gained finding and conclusion of the thesis is the fact that during serious staphylococcus infections the sampling of hemocultures is indicating as a necessity and as an obligation of the sampling of hemocultures of a patient is finding of the strain of Staphylococcus aureus in the sample of urine.

Keywords

Staphylococcus aureus, minimální inhibiční koncentrace, diskový difúzní test, citlivost, antibiotika, hemokultury

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 2. 8. 2018

Thesis defence

• Supervisor: MUDr. Alena Beranová

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Health and Social Sciences

Bachelor programme / field:
Specialization in Health Service / Health Technician