Studium protein-proteinových interakcí v živých buňkách

Bc. Miroslav Micka

Bakalářská práce

Analysis of protein-protein interactions in the living cells

Anotace:

Metody pro studium protein-proteinových interakcí v živých buňkách, představené v této bakalářské práci, jsou rozděleny do třech kapitol: Metody založené na biotinylaci proteinů v živých buňkách, Metody založené na síťování proteinů v živých buňkách a Metody založené na fluorescenční detekci protein-proteinových interakcí. Zatímco biotinylační metody a síťování proteinů slouží k rozsáhlejší detekci interaktomu proteinů, fluorescenční metody jsou převážně zaměřeny na zkoumání interakce mezi dvěma až třemi proteiny. V této bakalářské práci jsou charakterizovány biotinylační metody BioID, APEX, EMARS, SPPLAT a BirA-BAP systém. Dále je popsáno chemické síťování proteinů pomocí formaldehydu, fotosíťování a síťování pomocí inkorporovaných analogů aminokyselin. Z fluorescenčních metod je přestavena metoda BiFC, dále metoda FRET, BRET a LRET.

Abstract:

Methods for an analysis of protein-protein interactions in the living cells, which are presented in this bachelor thesis, are divided into three chapters: Methods based on protein biotinylation in the living cells, Methods based on protein crosslinking in the living cells and Methods based on fluorescent detection of protein-protein interactions. While protein biotinylation and protein crosslinking serve as methods for a wide range detection of protein interactome, fluorescent methods are mainly used for an examination of an interaction among two or three proteins. Methods for protein biotinylation characterized in this bachelor thesis are BioID, APEX, EMARS, SPPLAT and BirA-BAP system. Next, chemical crosslinking of proteins with formaldehyde, photocrosslinking and crosslinking with incorporated analogues of amino acids are described in this bachelor thesis. Fluorescent methods, which are presented here, are BiFC, FRET, BRET and LRET.

Klíčová slova

protein-proteinové interakce, živé buňky, interaktom proteinů, biotinylace proteinů, BirA, BAP, BioID, APEX, EMARS, SPPLAT, síťování proteinů, fotosíťování, BiFC, FRET, BRET, LRET, protein-protein interaction, living cells, protein interactome, protein biotinylation, protein crosslinking, photocrosslinking

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 9. 5. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 7. 6. 2018
• Vedoucí: doc. Mgr. Vítězslav Bryja, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Lukáš Čajánek, PhD.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Molekulární biologie a genetika