Segmentace buněčných jader vpisováním elips

Mgr. Matúš Kotry

Bachelor's thesis

Cell nuclei segmentation by ellipse fitting

Abstract:

The aim of this thesis is to implement and test a cell nuclei segmentation algorithm based on concave points detection and ellipse fitting, which was published in [1]. Various modifications are done in my implementation in order to achieve better results with used data. All of these modifications are described in the thesis.

Abstract:

Cieľom tejto práce je implementovať a otestovať algoritmus na segmentáciu bunkových jadier, ktorý je založený na vyhľadávaní konkávnych bodov a vpisovaní elíps. Tento algoritmus bol publikovaný v článku [1]. Vo svojej implementácii sa dopúšťam rôznych modifikácii s cieľom dosiahnutia lepších výsledkov na dátach, ktoré som mal k dispozícii. Všetky prevedené úpravy sú opísane v texte práce.

Kľúčové slová

vpisovanie elíps, konkávne body, segmentácia buniek, detekcia oválnych objektov, spracovanie mikroskopických snímok, fluorescenčná mikroskopia, kontúra, ellipse fitting, concave points, cell segmentation, oval objects detection, microscope image processing, fluorescence microscopy, contour

Jazyk práce: Slovak

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 24. 5. 2010

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 23. 6. 2010
• Vedúci: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D.
• Oponent: prof. Ing. Jiří Sochor, CSc.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Informatics / Computer Graphics and Image Processing