Využití NMR při studiu protein-peptidových interakcí KIX domény

Bc. Alena Hofrová

Bakalářská práce

Utilization of NMR to study protein-protein interactions of KIX domain

Anotace:

KIX doména je součástí transkripčních koaktivátorů a podílí se na aktivaci transkripce navázáním transkripčních faktorů, např. onkogenů c-Myb či MLL. Tito vazební partneři jsou z větší části neuspořádaní a získávají sekundární strukturu teprve po navázání na KIX doménu. KIX doména dokáže transkripční faktory vázat současně na dvou vazebných místech. V této bakalářské práci je popsána optimalizace purifikace 15N izotopicky značené KIX domény určené pro NMR měření. Tvorba komplexu KIX domény s fragmentem vazebného partneru c-Myb byla pozorována pomocí 2D 1H-15N NMR spektroskopie.

Abstract:

The KIX domain of transcriptional co-activator mediates transcription by recruiting transcription factors such as oncogenes c-Myb and MLL. These binding partners are largely disordered and attain secondary structure after binding to KIX domain. The KIX domain can bind transcription factors simultaneously to its two binding sites. In this bachelor thesis, optimization of purification of 15N isotopically labelled KIX domain used for NMR measurement will be described. The formation of KIX with fragment of its binding partner c-Myb was determined by NMR spectroscopy using 2D 1H-15N HSQC experiment.

Keywords

KIX doména, CBP, c-Myb, transkripční faktor, NMR, HSQC KIX domain, transcription factor, HSQC

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 5. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 12. 6. 2018
• Vedoucí: Mgr. Petr Louša
• Oponent: M.Sc. Tomasz Kabzinski

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie