Aplikace metod analýzy přežití v hodnocení dat DNA mikročipů

Mgr. Petra Hloušková

Bakalářská práce

Survival analysis methods in DNA microarray experiments

Anotace:

Technologie DNA mikročipů umožňuje sledovat expresi tisíce genů zároveň a představuje tak metodu s velkým vědecko-výzkumným potenciálem. V nedávných studiích bylo dokonce ukázáno, že genové expresní profily lze potenciálně použít pro předpověď přežití. Tato data však při hodnocení přináší řadu problémů, jsou totiž často velmi rozměrná, což způsobuje obtíže při statistickém zpracování dat, zvláště pokud je přítomno cenzorování jako v případě dat o přežití. Tato práce je zaměřena na metody hodnocení dat získaných z DNA mikročipů ve spojení s klinickými daty o přežití pacienta. Nejdříve se zaměříme na technologii DNA mikročipů a analýzu přežití. Poté představíme některé nedávno publikované metody pro predikci přežití založené na redukovaných expresních datech, neboť většina těchto metod založených na mnohorozměrných genomických datech kombinuje Coxův model proporcionálního rizika s některou technikou redukce dimenzionality dat.

Abstract:

DNA microarrays allow the simultaneous measurement of thousands of gene expression levels and provides a powerful tool in clinical research. Recent studies have shown that gene expression profiles can potentially be used for predicting survival. Expression data are often high-dimensional, which makes statistical modeling more difficult and complex, especially when time to death is subject to right censoring. This work is aimed at survival analysis methods in DNA microarray experiments. First of all, we focus on DNA microarrays and survival analysis. Then we present recently published methods for survival prediction based on the reduced expression data because most methods for survival prediction from high-dimensional genomic data combine the Cox proportional hazards model with some technique of dimension reduction.

Klíčová slova

analýza přežití, cenzorování, Coxův model proporcionálního rizika, DNA mikročipy, expresní profil, mnohorozměrný, predikce, redukce dimenzionality, censoring, Cox proportional hazard model, dimension reduction, DNA microarray, expression profile, high-dimensional, prediction, survival analysis.

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 25. 5. 2009

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 6. 2009
• Vedoucí: RNDr. Tomáš Pavlík, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Eva Budinská, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Matematická biologie