Studium interakcí monosacharidů s vybranými lektiny metodami molekulového modelování

Mgr. Leona Šerá

Bakalářská práce

Studz of the interaction of monosacharides with selected lectins using molecular modeling

Anotace:

Práce je součástí širšího projektu, jehož cílem je nalézt a optimalizovat vhodnou výpočetní metodu pro vyhodnocení sacharid-proteinových interakcí, které jsou jak časově tak finančně mnohem výhodnější než experimentální analýzy. Mohou je tedy předcházet a vyhodnocovat vhodné partnery pro experimentální analýzu. Cílem této bakalářské práce bylo nastudovat problematiku lektin-sacharidových interakcí, a poté vyhodnotit vypočtená data. V práci byli diskutovány fyzikální, chemické a i biologické vlastnosti lektinů s důrazem na bakteriální lektin PA-IIL, jehož model byl použit k výpočtům. Práce shrnuje základní metody i problémy molekulového modelování.

Abstract:

The Bachelor thesis is part of larger project with aim to find and optimize suitable computional method for analysing carbohydrate-protein interaction. This way is much more profitable time and moneywise like exprimental analysis. So, it can anticipace and evaluace suitable partners for experimental analysis. The aim of this thesis was to study questions of lectin-carbohydrate interaction, and then to analyse calculated data. Physical, chemical and biological properties of lectin was discussed in this work with accent at bacterial lectin PA-IIL, which model was used to calculations. Thesis summarizes fundamental methods and probléme of molecular modelling.

Klíčová slova

Lektiny, PA-IIL, molekulové modelování, silové pole, vazebné energie Lectins, molecular modelling, force field, binding energies

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 1. 6. 2009

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 1. 7. 2009
• Vedoucí: Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Fyzika / Biofyzika