Klasifikace a typizace izolátů Escherichia coli z živočišných zdrojů

Bc. Gabriela Suková

Master's thesis

Classification and typing of Escherichia coli isolated from animals

Anotácia:

Antarktida je jedním z nejvíce nehostinných prostředí na této planetě, ale přesto tam lze nalézt rozličné formy života, a to i toho bakteriálního, který zde bují zejména ve formě mikrobiomu zvířat. Bakterie Escherichia coli je modelovým organismem intenzivně zkoumaným již mnoho let. V této práci byly vybrány izoláty Escherichia coli, ale i Escherichia albertii z živočichů žijících na Antarktidě a v Patagonii a byla provedena základní analýza zahrnující biochemický, fyziologický a antibiotický profil, stejně jako klasifikace do čtyř skupin dle Clermonta a sestavení dendrogramů z analýz rep-PCR pomocí primerů REP a ERIC. Pro rozšíření profilu zkoumaných izolátů byla provedena detekce vybraných genů virulence pomocí metody multiplex-PCR.

Abstract:

Despite the fact, that the Antarctica is one of the harshest places on Earth, life blooms there in many forms, even the procaryotic one, which is mostly in the form of animal microbiome. Bacterium Escherichia coli is a model organism, which has been under the microscope for many years now. In this thesis, we worked with specimen of Escherichia coli and Escherichia albertii from Antarctica and Patagonia and conducted basic analysis including biochemical, physiological and antibiotic profile as well as classifying into four Clermont groups and construction of two dendrograms from rep-PCR analyses with ERIC and REP primers. Detection of chosen virulence genes with the multiplex-PCR method was also conducted to broaden the specimen profile.

Kľúčové slová

Antarktida, Escherichia coli, rep-PCR, antibiotika, klasifikace, typizace, virulence, Antarctica, antibiotics, classification, typing

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 6. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 9. 7. 2020
• Vedúci: prof. RNDr. Ivo Sedláček, CSc.
• Oponent: Mgr. Dana Nováková, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Experimental Biology / Special Biology