Vazba proteinu BRCA1 na lokální struktury DNA.

Bc. Ondřej KWAŚNÝ

Master's thesis

Binding of BRCA1 protein on local DNA structures.

Anotácia:

Gen BRCA1 kóduje multifunkční nádorový supresor, protein BRCA1, který je zapojený do regulace buněčných procesů jako jsou buněčný cyklus, transkripce, opravy poškozené DNA a přestavby chromatinu. Protein BRCA1 se nachází především v buněčném jádře, interaguje s řadou proteinů a s různými typy DNA. Bylo prokázáno, že se protein BRCA1 váže k poškozené DNA a hraje roli v transkripční regulaci genů. Již dříve byla prokázána silná preference proteinu BRCA1 pro non-B DNA struktury, jako je křížová struktura, triplex a kvadruplex. V této práci byly konstrukty BRCA1-A (219-498 aminokyselinových zbytků) a BRCA1-L (444-1057 aminokyselinových zbytků) nejprve vyizolovány, následně byly provedeny vazebné experimenty se superhelikální DNA, lineární DNA a také s DNA kvadruplexy. Vazba byla detekována a vizualizována pomocí elektroforetické retardační analýzy. Konstrukty proteinu BRCA1 projevily vazebnou afinitu ke všem použitým typům DNA.

Abstract:

Gene BRCA1 encodes a multifunctional tumor suppressor protein BRCA1, which is involved in regulation of cellular processes such as cell cycle, transcription, DNA repair and chromatin remodeling. BRCA1 protein, located primarily in cell nuclei, interacts with multiple proteins and various DNA targets. It has been demonstrated that BRCA1 protein binds to damaged DNA and plays a role in the transcriptional regulation of downstream target genes. Strong preference of BRCA1 protein for non-B DNA structures, such as cruciform, triplex and quadruplex, has been demonstrated previously. In this thesis BRCA1-A (219-498 amino acid residues) and BRCA1-L (444-1057 amino acid residues) constructs were isolated and bound to supercoiled DNA, linear DNA and also DNA quadruplex. Binding was detected and visualized by electrophoretic retardation assay. Constructs binding affinity to all type of DNA targets was demonstrated.

Kľúčové slová

BRCA1, nádorový supresor, vazba protein-DNA, non-B DNA struktury

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 1. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 29. 1. 2018
• Vedúci: doc. RNDr. Petr Pečinka, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biology / Experimental Biology